自收自支的事业单位有利有弊。
1. 利在于此类事业单位可以有自己的经营业务。若单位业务开展的好，效益好，是可以在固定的工资之外给员工多发收入的。
2. 弊在于没有财政拨款（可能会有少额上级补助）做支持，若单位业务开展的不好，则可能会很惨淡。在这类事业单位就是多劳多得，少劳少得。自收自支的事业单位是所在单位依据政府或物价价部门的批准自己收取各项行政性收费，然后按当地财政核定的比例留成部分资金用于本单位的日常开支及工资发放。
自收自支事业单位的编制与其他全额和差额拨款的事业单位一样都要经过当地编制部门批准，进人一般也要像公务员一样进行统一招考审批。但是,自收自支的事业单位目前二到三年会随着全国事业单位的改革其性质有所变化，一些明显具有行政执法性质的的单位，会转为公务员或全额拨款事业单位，而大部分单位在将行政职能收归具执法职能的行政单位后，会转为国有企业。