1. 历史和时代的差异
中国和西方欧洲在社会基本阶段形态的断代时间上差别很大。从奴隶社会向封建社会的转变，中国是在春秋战国之交，欧洲则是在
西罗马帝国灭亡的时候，东西方的差距近一千年.封建社会在中国长达2300多年，而在欧洲“中世纪”1100多年。1640年以来的300多年的时间，西方欧洲建立了典型的
资本主义制度，中国则经历了200年的封建社会没落时期、100多年的半殖民地半封建时期、50年的社会主义阶段。随着历史和时代的发展，中医学和西医学的发展状态，形成了各自的发展曲线。
中医学从起源一直到1640年的数千万年，持续不断的向前发展，出现了
秦汉、隋唐、两宋、明朝等几个发展高峰，其发展速度和水平长期在世界上遥遥领先。1640年之后的300年，发展速度慢慢下滑，到1840年之后跌入了历史的低谷，发展速度落在西医学之后，1949年建国后开始向上回升。
西医学从起源到
古希腊、罗马的是加速发展高峰，从476年开始的中世纪，发展速度下滑，跌入一个长达1000多年的历史低谷，发展速度和水平远远落在中医学之后。从1543年的医学革命，从低谷逐步的向上攀升，经过400多年的发展，不但超过了中医学，而且达到了世界医学主流医学的制高点。
中医学和西医学的发展在476年之后就出现了两次巨大的反差，即中世纪的“东高西地”和近代的“西高东低”。摆在我们面前的中西医差异，是西医学经过近代的革命正处于现代发展的高峰期，中医学正处于从历史低谷向上回升的时期，这是中西医现有差异的历史和时代特征。
2. 经济和政治的差异
医学的发展需要社会基础，社会发展的经济水平决定着对医学发展的力度;社会制度和方针政策控制和调节着’医学的发展。社会的经济水平和
政治制度虽然对医学的发展方向有选择和制约作用。某个国家或某个时期医学发展的速度和水平，从根本上取决于这个国家或这个时期的经济、政治条件。在中医学与西医学发展的背后，是中国社会与西方欧洲社会的两个社会的发展发展的差异，是由于中国和欧洲社会发展的经济、政治状况的差异造成的。
中医学持续发展和经典体系的形成，是中国2000多年封建社会的持续发展和繁荣所提供的经济、政治条件的产物;近代以来的衰落和徘徊，是封建社会的没落和
半殖民地半封建社会所特有的经济、政治条件的产物.西医学在中世纪的的凋敝，是欧洲“黑暗的一千年”所特有的经济、政治条件的产物;16世纪以来的革命和现代体系的建立，是资本主义发展所提供的新的经济、政治条件的产物。
中医学发展的历史曲线，是与中国社会发展的历史曲线平行的:西医学发展的历史曲线，是与西方社会发展的历史曲现平行的。中医学与需医学的现有差异，是中国社会与西方社会的差异在医学领域的一种体现。
3. 科学和技术的差异
医学为了解答关于人的健康与疾病的具体问题，需要吸收和运用恰当的科学知识和技术手段，由此转化为医学的科学技术内涵，中西医之间的差异在许多方面表现为科学技术内涵的差异。医学自身的
思维方式支配着医学研究的方向，它只选择和吸收适合自己需要的科学技术。中国与西方欧洲的科学技术发展在不同的历史时期有着不同的成就和水平，为医学提供了不同的科学技术营养.
无论是中国还是西方在476年以前，科学技术与自然哲学没有分化。中医学和西医学分别的吸收了当时的一些自然哲学形态的知识，在科学技术内涵上开始出现一些差异，但那时候还只是差异的萌芽。
中世纪时期扩大了中西医之间科学技术内涵的差异。中国古代科学技术发展到鼎盛时期，科学技术内涵的性质和水平是属于古代科学的，中医学的许多理论和技术手段正是在这个时期发育起来的。而欧洲的科学技术和医学一起成为宗教神学的牌女，其科学技术内涵降到了最低点.
16世纪以后的几百年决定性的加深了中西医之间科学技术内涵的差异。当欧洲的
科技革命的成果向中国传播的时候，中医学却陷入了为存亡而斗争的困境，失去了吸收新的科技成果的条件。西医学则不同，近代科技革命为西医学提供了全新的营养，出现的新进展、新成果几乎都是靠移植运用新的科学知识或技术手段完成的，到了离开科学技术的支持寸步难行的程度。
中西医之间现有的在科学技术内涵上的差异，是两种医学吸收科学技术的两种不同历程演变到今天的结果。
4. 思想和文化的差异
在中国几千年的历史上，长期占统治地位的是
朴素唯物主义和自然辩证法思想，其核心思想是元气论、阴阳学说、五行学说，注重整体、分化、相互作用、内在矛盾，形成有机性观点和朴素
系统论思维。对中医学产生了深远的影响，中医吸收这些思想并把它贯彻到医学研究中，形成中医学基本观点和朴素系统论思维方式。
在西方历史上，在古希腊、罗马时期，占统治地位的是
机械唯物主义的原子论和元素论，中世纪时期宗教神学压倒了一切，近代以来则形成了继承古代
机械唯物论传统的新型机械唯物主义。对西医学现有体系产生直接影响的，主要是近代以来的西方哲学思想。注重粒子、实体、组合、可分解性、外部作用，西医学吸收这些思想并把它贯彻到医学研究中，形成西医学的基本观点和还原论思维方式。
东西方两种思想文化分别孕育了两种医学的学术思想和思维方式，这是中西医学术差异的思想基础和文化根源，有机论与
机械论的差异、系统论与还原论的差异在中西医现有差异中明显的表现出来。