吕不韦与秦始皇到底是什么关系？其实关于这个问题，在李开元先生著的《秦谜》一书中有十分详尽的考据讲解，先来说说造成这个谜团的起因，这还是要从《史记》说起，在《史记•秦始皇本纪》这段记载秦始皇是庄襄王和赵姬的儿子，并没有对嬴政的身世做出任何质疑，但在另一篇《史记•吕不韦列传》中却详细地讲述了子楚如何索姬，吕不韦如何赠有孕之女，说明嬴政应当是吕不韦的儿子。
在吕不韦看来，子楚的价值，在于他的王室血脉。秦王室血统的纯正问题，吕不韦要确保子楚身为奇货价值的真实可靠，他不应该在王室血统上做手脚。
从华阳夫人的角度来看，她收养子楚的基础，也在子楚的王室血统。子楚血统的纯正问题，同样也是关系到华阳夫人和芈氏家族政治前途的死活问题。所以在子楚血统的任何问题上，必将严格地监督甄别，不能留下任何可能被质疑的地方。吕不韦在这个问题上一定会小心谨慎，不敢有稍许的疏忽。并且以当时的技术来言，即使赵姬怀孕，也无法知道是男是女，吕不韦真的没有必要在这个问题上冒这么大的风险。
秦国的继承制度是非常严谨的，一般必须由嫡子继承，而嫡子的认定，必须是父亲和正室所生的。秦国有如此严格的制度，吕不韦如此精明，并且他很早就有了这个计划，就一定会去熟悉秦国的法律和制度，不可能不精通秦国的继承法。秦国是一个法治至高无上的国家，在涉及国本的根本问题上，吕不韦这样的人，绝不敢以身试法，这样对他的危险性太高。
在来看《史记．吕不韦列传》中秦始皇的出生时间，在赵姬与子楚同居以后，“至大期时，生子政。子楚遂立姬为夫人”。“大期”，就是妇女足月分娩的日期。虽然这个“大期”具体是多久，还有一定的争议，但一般来说怀孕十个月生产，就是妇人的大期。按这样计算，赵姬与子楚同居十个月以后，生下了嬴政，是毫无问题的，所以子楚认可了自己的长子，册立赵姬为自己的夫人。
如果赵姬在出嫁之前已经怀孕。在没有科学检测手段的古代，吕不韦确实知道赵姬已经怀孕，怕要在两个月以后。那就是说赵姬怀孕两个月以后才被献给子楚，嬴政就不会在“大期”的十个月后出产，而是应当在赵姬与子楚同居八个月后早产。早产几天也许正常，但早产两个月，子楚怎么会不有所怀疑呢？
还有就是吕不韦这个故事和李园与春申君的故事简直如出一辙。在《史记.春申君列传》中记载了楚国的考烈王没有儿子，赵国人李园听说了这个消息，他先把自己的妹妹献给了春申君，怀孕后李园又劝说春申君将妹妹献给了考烈王。后来李园妹妹被立为后，儿子也成了楚幽王。
所以综合以上内容，吕不韦应该算是秦始皇一家的贵人，是秦始皇的仲父，但不是他的真正父亲。