1、程序发生的基础不同
第二审程序是基于当事人行使上诉权对一审裁判不服提起上诉而发生的，第一审程序则是基于当事人行使起诉权实施了起诉行为而发生的。
2、当事人提起诉讼程序的理由不同
起诉的理由是当事人的权利或权益受到侵害或者与他人发生争议;上诉的理由则是对一审法院的判决不服。
3、两者的职能有差别
第一审程序中实现的是人民法院的审判职能，第二审程序中除了对案件的审判职能外，还包括上级人民法院对下级人民法院的审判活动实现监督职能。
4、两者的审判组织不同
第一审审判程序的组织形式包括独任审判庭和合议庭两种;在合议庭的组成上，包括由审判员和由审判员与陪审员共同组成两种形式。而在二审程序中，案件的审理由合议庭负责，而且合议庭的成员必须是审判员，陪审员不能参加。
扩展资料：
两者的联系
第二审程序并不是每个行政案件的必须程序。如果一个案件经过第一审程序审理，当事人在上诉期限内没有上诉，就不会引起第二审程序的发生，也就不需经过第二审程序。
第二审程序可以纠正第一审裁判中的错误，保护行政诉讼当事人的合法权益，也有利于上一级人民法院监督和检查下级人民法院的行政审判工作。
参考资料来源：百度百科——行政诉讼第二审程序
参考资料来源：百度百科——行政诉讼第一审程序
行政诉讼法第七十条规定：行政行为有下列情形之一的，一审人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为：
主要证据不足的；
适用法律、法规错误的；
违反法定程序的；
超越职权的；
滥用职权的；
明显不当的。
第八十九条规定：人民法院审理上诉案件，按照下列情形，分别处理：
原判决、裁定认定事实清楚，适用法律、法规正确的，判决或者裁定驳回上诉，维持原判决、裁定；
原判决、裁定认定事实错误或者适用法律、法规错误的，依法改判、撤销或者变更；
原判决认定基本事实不清、证据不足的，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；
原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
一审三个月，二审两个月。
2 审理原则
一审按当时人诉讼请求，二审全面审理。
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