第一章：1699年，外科医生格列佛随“羚羊号”出航南太平洋。不幸中途遇险，格列佛死里逃生，漂到利立浦特（小人国），被小人捆住。后来格列佛凭借机智勇敢，逃出不来夫斯古帝国，后来平安回到英国。
第二章：格列佛回家不久，就随“冒险号”再次出海，不幸又遇上风暴，船被刮到布罗卜丁内格（大人国）。格列佛被一位高达20米的农民捉住。农民带格列佛到全国各大城市展览，最后来到首都。格列佛在该国的第三年，陪同国王巡视边疆。由于思乡心切，他假装生病，来到海边呼吸新鲜空气。天空中的鹰错把他住的箱子当成乌龟叼了起来。几只鹰在空中争夺，箱子掉进海里，被路过的一艘船发现，格列佛获救后，乘船回到英国。
第三章：在家呆了一段时间，格列佛又随“好望号“出海。这一次，格列佛所乘的船遭海盗船劫持，格列佛侥幸逃脱，被一座叫“勒皮他”的飞岛救起。接着，格列佛来到巫人岛。岛上的总督精通魔法，能随意召唤任何鬼魂，格列佛因此会见了古代的许多名人，结果发现史书上的记载很多不符合史实，甚至是非颠倒。离开该国后，格列佛来到日本，然后乘船回到英国。
第四章：格列佛回家后五个月，受聘为“冒险号”船长，再次乘船出海。途中水手叛变，把他囚禁了几个月，然后被放逐到“慧骃国”。格列佛很快学会了该国语言，应主人的邀请，他谈到在世界其他地方马是畜生，而像他那样的“耶胡”则具有理性，并且是马的主人。
第五章：“我”涉水海峡，拖来了约五十艘敌人的战舰，因为这件事，皇帝赐给“我”朝廷最高的荣誉称号，但海军上将因此感到脸上无光，威望扫地，从此成为“我”的死敌。但后来由于“我”拒绝帮助皇帝打败并吞并对方而失宠。
第六章：“我”首先介绍了小人国的的法律和教育。然后，“我”简要介绍了自己在小人国居住九个月零十三天的日常生活——关于皇帝来访，与“我”共餐同乐的场面，“我”为财政大臣的夫人洗刷不白之冤的细节（证明两人没有不正当的男女关系）。