不是当天生效的。
每年12月左右为参合农民缴纳下一年度合作医疗基金期，逾期不交者，就不能再享受参合住院医疗费用补偿；参合有效期为缴费后次年1月1日至12月31日。
新型农村合作医疗是以年度为单位办理参合手续，并且在同一个缴费年度内享受该年度的合作医疗报销待遇。即在当年年底参加下一年度的合作医疗缴费，从下一年1月1日至12月31日享受合作医疗待遇，不是当天缴费当天生效。
扩展资料
凡户籍为本镇农业人口，以户为单位，缴纳合作医疗基金均可以参加新农合。农村低保户、五保户、重点优扶对象的农民及二女结扎困难农户，以户为单位参加新型农村合作医疗的，属个人交纳的资金，由县财政统筹解决。
参合农民因病住院，应优先选择定点医院，住院前须到县农医局办理转诊转院审批手续，急危重人应在住院后7天内凭接诊医院的证明书办理手续，未办理转诊手续的，补偿时降低5%的补偿比例。在我县新型农村合作医院定点医院就诊时必须表明参合身份，要求按参合规定诊疗。
要向医生出示《合作医疗证》，成年人持《身份证》、未成年人持《户口簿》，分娩者持《准生证》，需及时向医生咨询哪些药品和检查可以补偿，哪些药品和检查不可以补偿，以免增加个人负担。
出院时要向医院索取补偿有关凭证；要保存好完整的补偿凭证、疾病诊断证明书、和住院发票、医嘱单复印件、住院费用汇总清单、出院小结。
参加商业保险同时参加农村合作医疗的农民，在向商业保险公司提供《保险金给付申请书》的同时，应向该公司索取住院发票复印件，并注明“该原始发票在我公司保存”字样及加盖保险公司公章。
参考资料：百度百科--新型农村合作医疗参合农民须知
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