特异功能现象目前还没有得到科技界的普遍承认，虽然有一些科学家在不断地对此进行考察、研究。原因是多方面的，其中如下原因是主要原因：(1) 特异功能现象不稳定，难以任意重复，尤其在对特异功能进行严格的考察和实验时，考察、实验条件越严格，特异功能可重复性越低，演示成功的可能性越小。造成这种状况的原因主要是特异功能是在特异状态下实现的（这种状态可称为特异态或功能态，特异态与正常态的显著区别在于，特异态时逻辑思维中断，发功者要进入松静状态或以一念代万念）。特异态受功能者当时的情绪、周围的环境影响很大。尤其在进行严格实验时，受试者心理紧张、情绪波动等因素会影响受试者进入特异态，或根本进不了特异态，因而影响演示的可重复性。(2) 特异功能现象超出了现代自然科学的知识范围，无法解释。很多科学家曾经针对一些特异功能现象提出过一些假说。但这些假说往往只能牵强地解释这些现象，而不能解释其它现象，或者就这些现象稍作调整便不能自圆其说。如有的学者认为人体特异功能与电磁辐射有关。很多功能者在发功时能对检测电磁波的仪器产生影响，使其指针摆动或有所显示，由此看来似乎电磁辐射理论能够成立。但是进一步的实验又否定了这个理论，在进行实验时若把检测电磁波的探头或其它接受部件去掉，检测仪器的指针仍然摆动或有所显示。又如用意念使物体穿越实物屏障，特异功能者可用意念使封在玻璃瓶中的药片从瓶底掉下来，用高速摄影机记录这一过程，从高速摄影的照片上可以看到完整的药片一点一点的穿越玻璃瓶。面对这一现象科学家们提出了物质异态说。认为药片在穿越瓶子时是处在异态之中，或者广义普朗克常数起作用，这时药片中的分子健力减弱了或者不存在了，或药片出现宏观量子波，药片便可从瓶底掉出。但这却是用未知解释未知，因为人们既不知道这种异态为何物，也不知道它的分子健力为什么消失了，以及照片上的药片为什么在这时仍然还是一个完整的形象。另一些现象更使得现代自然科学一筹莫展，例如特异功能者怎么能从外面进入完全封闭的房间里？如何能控制他人的思维及行动？何以神不知鬼不觉地将物体由一处移至另一处？等等。所以，兰州大学物理系的王水在“物理学面临的危机”一文中说：“正如恩格斯所说：‘凡在人类历史的领域中是现实的，随着时间的推移，都会成为不合理的，因而按其本性来说已经是不合理的，一开始就包含着不合理性’。如今不管你是否原意相信，物理学毕竟又出现了危机：在中国传统文化之一的气功和由来已久的人体特异功能面前，已有的物理学手段和规律都显得无能为力。”“物理学的危机早已开始，革命迫在眉睫。”“对于从事物理学研究的人，‘气功与特异’是一个方向，但愿能有更多的人从事这一探索。”
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