日本儒学是从中国儒学中吸取滋养，以中国儒学的发展为原动力而逐步成长的。因而有的日本学者说，日本儒学史"可以看作是带有相应变形而压缩地重复了"的中国儒学史。然而，日本儒学不是中国儒学照相式的翻版，而是经日本文明改造的变形物，即儒学逐渐被日本化了。因而，从日本儒学所具的特色，我们便可窥见日本文明的某些特质。
中国儒学与同时代的西方哲学相比较，是不大热衷于抽象的本体论的讨论的，而相对地注重人生哲学与人的修养的研究。日本儒学较之中国儒学则更为疏于抽象的本体论思考。奈良、平安时代的早期儒学主要表达的是儒家的政治思想。在镰仓、室町时代，朱子学虽已传入日本，但它是佛教禅宗的附庸，也罕见独立的本体论思考。进入江户时代，日本儒学摆脱佛教而独立，这为日本儒学者展开独立的理性思维创造了条件。但是，宋明理学中思辨性最强的本体论在他们的思想体系中未能占有重要地位。即使是接受了"理"这一范畴，他们也更多地将其理解为与经验事物相联系的自然规律与道德准则，而不大将其理解为形上学的世界的本体存在。江户时代日本儒学的鼻祖藤原惺窝虽间或谈及理气关系，但更多地把"理"解释为伦理性质的"道理"或"义理"，他说："人事即天理。"朱子学者贝原益轩认为，"穷理"不是体认形上学的"理"，而是探求客观事物的自然法则。古学派山鹿素行认为，"理"是"天地人物"、"生生不息"的"条理"。日本儒学者对于"理"范畴的认识，充分反映了日本儒学疏于抽象的本体论思考的特色。日本学者中村元在其《东方民族的思维方法》一书中即指出，日本人的思维方式有"非合理主义"倾向，其表现之一是，拙于思辨的、逻辑的思维，缺乏以抽象的普遍形式进行的空想性。
较之中国儒学，日本儒学的认识论更为重视感觉经验，注重事实、现象、经验和实证。日本的早期儒学者很少涉及认识论。直至进入江户时代后，日本儒学者才开始探讨认识论问题。从日本的朱子学派来看，在林罗山之后便分化为"主知博学派"和"体认自得派"。"主知博学派"，如贝原益轩、新井白石、室鸠巢、五井兰洲、中井竹山、佐久间象山等，比较重视经验知识。例如，贝原益轩认为，—一接触外物，而"逐一通晓其理"是人生一大快事。室鸠巢批评王阳明说："致良知，不以万物，以何致之耶？"五井兰洲认为"真知"和"实见"是"穷理之神明"。古学派的山鹿素行曾明确批判中国宋代学者谢上蔡"闻见之知非真知"的观点。获生祖徐则认为"格物"就是习熟和力行。
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