非法占用土地的处理方式主要包括：
1、责令退还非法占用的土地。
即将非法占用的土地恢复到占用以前的状态，如果非法占用的土地是公共用地或未确定给单位和个人使用的国有土地的，要恢复到占用以前的原貌；如果非法占用的土地是其他单位和个人使用的国有土地的，要将非法占用的土地退还原使用者，由此而给原使用者造成损失的，可以依法追究违法使用者的民事责任；如果非法占用的土地是农民集体经济组织的，作出处罚决定的土地行政主管部门应当责令其交还原农民集体经济组织。
2、限期拆除新建的建筑物和其他设施。
如果在非法占用的农用地上新建了建筑物和其他设施的，并且这些建筑物和其他设施是违反土地利用总体规划的，作出处罚决定的土地行政主管部门应当责令违法者在一定期限内予以拆除，恢复土地原状。
3、没收新建的建筑物和其他设施。
如果在非法占用的土地新建的建筑物和其他设施是符合土地利用总体规划的，作出处罚决定的土地行政主管部门应当予以没收。
4、罚款。
对非法占用土地的，除采取上述处罚措施以外，还可以对当事人处以罚款，但罚款是选择性适用条款，是否给予罚款，由土地行政主管部门根据违法情节而定，至于罚款的具体幅度和标准，应由《土地管理法实施条例》作出明确规定。对非法占用土地的，对当事人处以罚款。
5、行政处分。
给予行政处分的对象是非法占地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员。给予行政处分的依据是《国务院关于行政机关工作人员奖惩暂行规定》和《企业职工奖惩条例》。行使行政处分的机关是有关责任人员的所在单位或者上级机关。
6、刑事责任。
主要是指非法占用土地的行为情节严重，触犯《中华人民共和国刑法》第三百四十二条时，行为人应当承担刑事法律责任，包括有期徒刑或者拘役、单处或者并处罚金等。需要说明的是，构成此罪，必须是非法占用耕地。
非法占地表现形式有哪些
违法占地是国土资源违法行为中最常见的一种类型，是指行为人未经批准，或者采取欺骗手段骗取批准，违法占用土地进行非农业建设的行为。违法占地行为有以下四种主要的表现形式：
1、未经批准占用土地，主要是指单位或个人未取得合法用地批准文件或未办理用地批准手续而违法占用土地进行建设。
2、采用欺骗手段骗取批准文件占用土地建设，主要指单位或个人占地建设虽然取得了用地批准手续，但批准手续是通过弄虚作假骗取的，不具备合法性，因此也属于违法占地。比如，某村民已有宅基地，却隐瞒情况伙同村干部出具没有宅基地的证明，骗取批准新的宅基地。
3、少批多占，主要是指超过批准的用地面积占用土地，多占的部分属于违法占地。
4、其他形式的违法占地，比如依法收回非法批准、使用的土地，有关当事人拒不归还的，以违法占地论处;依法收回国有土地使用权，当事人拒不交还的;临时用地到期，拒不归还土地或在临时用地上修建永久性建筑物、构筑物的;对在土地利用总体规划制定前已建的不符合土地利用总体规划确定的用途的建筑物、构筑物重建、扩建等。
违法占用土地责任是什么
1、倒卖土地使用权
买卖或者以其他形式非法转让土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门没收违法所得;
2、擅自改变土地用途
对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施;可以并处罚款;对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
违反土地管理法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正或者治理，可以并处罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
擅自将农民集体所有的土地的使用权出让、转让或者出租用于非农业建设的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款。
3、用地单位拒不复垦
违反土地管理法规定，拒不履行土地复垦义务的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正;逾期不改正的，责令缴纳复垦费，专项用于土地复垦，可以处以罚款。
4、非法占地(少批多占，未批先占，以租代征)
未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
超过批准的数量占用土地(少批多占)，多占的土地以非法占用土地论处。
未批先占，少批多占，以租代征等形式占地都属于非法占地。
6、越权审批
无权批准征收、使用土地的单位或者个人非法批准占用土地的，超越批准权限非法批准占用土地的，不按照土地利用总体规划确定的用途批准用地的，或者违反法律规定的程序批准占用、征收土地的，其批准文件无效，对非法批准征收、使用土地的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。非法批准、使用的土地应当收回，有关当事人拒不归还的，以非法占用土地论处。
非法批准征收、使用土地，对当事人造成损失的，依法应当承担赔偿责任。
7、截留征地补偿款
侵占、挪用被征收土地单位的征地补偿费用和其他有关费用，构成犯罪的，依法追究刑事责任;尚不构成犯罪的，依法给予行政处分。
9、滥用职权、玩忽职守
土地行政主管部门的工作人员玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊，构成犯罪的，依法追究刑事责任;尚不构成犯罪的，依法给予行政处分。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》
第三百四十二条 【非法占用农用地罪】违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
《中华人民共和国土地管理法》第七十七条 未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。
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