在怀孕6周时，孕囊的大小可以通过以下方法进行判断：
1.通过超声检查：这是最常用的方法。医生会使用超声波设备对子宫进行扫描，以确定孕囊的大小和位置。通常情况下，孕囊的直径应该在1-2厘米之间。
2.测量孕囊的长度和宽度：这也是一种简单的方法。您可以使用一个透明的尺子或者一个家用的卷尺来测量孕囊的长度和宽度。然后将这些数据与标准的孕囊大小进行比较。
3.注意孕囊内的胚胎发育情况：在怀孕6周时，孕囊内应该可以看到胚胎的存在。如果胚胎的大小和发育情况正常，那么孕囊的大小就应该是正常的。
4.注意孕囊的位置：孕囊应该位于子宫内，而不是在输卵管或其他部位。如果孕囊的位置不正常，可能会影响到胚胎的发育。
5.注意是否有出血或疼痛：如果在怀孕6周时出现出血或疼痛的情况，可能是流产的前兆，此时孕囊的大小可能并不正常。
以上都是一些基本的判断方法，但每个人的情况都会有所不同，所以最好是定期去医院进行检查，听从医生的专业建议。