1、侧重点不同
优秀少先队员团结教育少年儿童，爱祖国，爱人民，爱劳动，爱科学，孝敬父母，爱护公共财物,努力学习，锻炼身体，培养能力，为国家贡献自己的力量，努力成长为社会主义现代化建设的合格人才，做共产主义事业的接班人。
“三好”成为学生追求的目标和荣誉，也成为“好孩子、好学生”的同义词。2012年3月，针对多位全国政协委员联名发起的停止评选“三好学生”的提案，教育部发言人表示教育部并未对“三好学生”评选作出统一规定，不会干预学校做出决定。
2、主体不同
三好学生是中国的学校给予被评选出来的优秀学生的一种荣誉称号，三好是指思想品德好，学习好，身体好。
优秀少先队员是中国少年先锋队中的荣誉称号，能够被评选获得此称号的少先队员都是能热爱党、热爱祖国、热爱人民，模范遵守《中小学生日常行为规范》，认真承担和完成少先队组织交予的任务，在同龄少先队员中能起到模范带头作用的佼佼者，通常评选时有市、区、校三级。
3、评选条件不同
三好学生要求思想品德好。即热爱社会主义祖国，热爱人民，拥护中国共产党，热心为集体服务，积极参加劳动，尊敬师长，团结同学，遵守社会公德，自觉执行《小学生守则》和《小学生日常行为规范》，在同学中能起模范作用。
优秀少先队员需要热爱党、热爱祖国、热爱人民，模范遵守《中小学生日常行为规范》，在为队旗增辉添色和“中国少年雏鹰行动”、“养成道德好习惯实践体验活动”、“五好小标兵”活动中成绩突出。
参考资料来源：
参考资料来源：