厦门市财政局的内设机构分工明确，各司其职。
1. 办公室：负责综合协调工作，包括督查督办重要事项，负责文电、机要、档案等管理，起草重要文件，管理财政信息和宣传，组织会议，处理人大代表议案和政协委员提案，以及综治、财务、资产管理等工作，还负责机关信息化建设和应急事务及接待。
2. 综合处：参与住房改革政策和资金管理，负责国有土地使用权出让和海域使用金收入，制定非税收入管理制度，参与国有资源有偿使用政策研究，审核行政事业性收费项目和审批，管理财政票据，审批住房公积金管理费用，参与彩票管理工作。
3. 法规税政处：起草地方性财税法规，执行税收法律法规，审核法规草案，提出税收政策建议，监督税收政策执行，管理规范性文件，负责行政诉讼和合法性审查，组织法制宣传教育。
4. 预算处：提出财政体制和预算管理建议，负责预算编制与分析，提出经济促进政策建议，编制年度预算，组织全市财政预算，负责转移支付和财政结算，指导区级财政工作。
5. 国库处：实施会计制度，管理财政收支，负责国库集中收付，管理财政账户，负责财政决算和现金管理。
6. 行政政法处：负责行政政法部门预算，制定财务管理政策，管理行政经费，拟订驻外机构相关标准，负责公务车辆和会议定点管理。
7. 教科文处：负责教育、科技、文化等预算工作，实施事业单位财务规则，管理教育和文化行业财务。
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每个部门都专注于各自的职责，共同确保厦门市财政工作的高效运转。