1644年，清顺治元年，李自成攻入明朝京师，崇祯帝自尽，明朝灭亡。随后，清军在吴三桂引导下入关，在山海关击败李自成农民军。四月，清军占领京师，南明弘光政权由明福王朱由崧于南京建立。同年九月，清朝迁都北京。
1645年，顺治二年，清军攻占西安，李自成南撤。四月，扬州被攻破，史可法牺牲，清兵进行了“扬州十日”大屠杀。五月，南京落入清军之手，朱由崧被俘。清廷推行“剃发令”和“易服令”，鲁王朱以海监国绍兴，唐王朱聿键在福州称帝，建“隆武”年号。抗清高潮在江阴、嘉定等地兴起，但遭到残酷镇压。
1646年，顺治三年，清军攻占浙江和福建，南明隆武帝朱聿键遇害，桂王朱由榔在肇庆监国并称帝，改元“永历”。同年，各地农民军和部分明朝降将反清，如郝摇旗、何腾蛟等在湖南等地展开战斗。清朝后方的起义军也纷纷响应，形成第二次抗清高潮。
1649年，顺治六年，清军攻占湖南，何腾蛟牺牲。1650年，李来亨等组建“夔东十三家”军抵抗清军。此后几年，清军多次攻陷各地，如广州、桂林，抗清力量虽有起伏，但永历帝朱由榔最终流亡缅甸。1661年，清军攻入缅甸，朱由榔被俘，同年郑成功收复台湾，南明永历帝于1662年在昆明遇害，标志着中国大陆南明政权的结束。
1664年，清军消灭“夔东十三家”，张煌言遇害。1674年，郑经进攻福建失败，1683年，清军攻占台湾，彻底终结了南明势力，清朝统治全面稳固。
清军入关是指公元1644年（明崇祯十七年，清顺治元年）中国东北以满族为主体的少数民族政权清朝的军队在明朝将领吴三桂的带引下大举进入山海关内、攻占京师（今中国北京）、开始成为统治中国的中央政府的历史事件。广义上是指1644年清军入关后镇压农民军、消灭南明诸政权等汉族反抗武装的一系列由北至南的统一中国的战争。它标志着清王朝在中国统治的开始。