需拆卸即可清洗，还可在不停车的条件下清洗。可直接将专用的水垢清洗剂倒入汽车水循环系统中，让其浸泡、怠速循环或行驶 20-30分钟后，将水箱及系统内部的除垢剂排放掉，加水反复冲洗干净既可有效清除发动机水循环系统中的水垢、锈、泥及各种有害物质。
如果水箱清洁不当，就会产生大量的水垢，大大影响水箱的散热作用。因为水垢的导热系数很低，仅是铸铁的1/25，黄铜的1/50，形成于缸体衬里及缸盖水道的水垢，使局部区域因散热性变差而温度上升，会导致发动机薄弱部位产生裂纹及缸盖变形。它还不仅仅使冷却系统散热性能变差，出现局部高温区，恶化润滑条件，使发动机温度升高，加速发动机系统的磨损；还堵塞散热管或冷却系统管路等，大大降低传热效率，使发动机过热直接危害驾驶人员的安全。
要避免水垢的产生，就要注意水箱冷却液的选用。许多驾驶员不重视冷却液的使用及优劣，通常加入水箱的只是普通的水。水中的钙、镁离子很容易在冷却系统中形成无机盐水垢。当这些水垢形成与缸体衬里及缸盖水道时，会影响传热效率，出现局部高温区，恶化润滑条件，加速发动机系统的磨损。优质的发动机冷却液由涤纶级乙二醇、蒸馏水、阻垢剂等原料组成，有效防止水垢形成，并能部分去除原有水垢，提高冷却系统效率。