杀菌作用是杀菌剂真正把病菌杀死，使病菌不再成活的作用方式。从中毒表现看，主要是孢子不能萌发，不能侵染作物。许多非内吸性杀菌剂，如铜制剂、无机硫等化合物均表现为杀菌作用。抑菌作用是杀菌剂只能抑制菌体生命活动的某一过程而失去致病力，并非把病菌杀死的作用方式。例如，当药剂存在时孢子不萌发，药剂被洗除或分解后，病菌又能恢复生长繁殖。
杀菌剂对病菌的毒力表现为杀菌作用和抑菌作用两种方式。杀菌作用是杀菌剂真正把病菌杀死而不能侵入作物体内。抑菌作用是杀菌剂抑制病菌生命活动的某一过程，如抑制菌丝生长、抑制病菌产生吸胞、抑制病菌进行有丝分裂、抑制病菌细胞壁形成等，使其不能产生侵害，而并非将病菌杀死。病菌在受抑制的一定时间内失去致病能力，而作物继续生长。当药剂被洗除或分解后，病菌仍能恢复生命。
杀菌剂的不同作用方式除与药剂性能有关外，还与使用浓度和作用时间长短有关。同一种药剂因使用浓度和作用时间不同，很可能表现为不同的作用方式。例如苯菌灵在5微克/毫升浓度时可抑制一些黑霉菌的生长，对孢子萌发没有影响，但作用时间延长到1小时后，就会把孢子杀死。
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