《神农本草经》著作早于《本草纲目》，《本草纲目》是对《神农本草经》等医学专著里的错误的修改和总结。
《本草纲目》不论从它严密的科学分类，或是从它包含药物的数目之多和流畅生动的文笔来看，都远远超过古代任何一部本草著作，包括《神农本草经》。
《神农本草经》是多种古代用药经验的总结，所以没有具体作者，而《本草纲目》有明确作者，是李时珍。
《神农本草经》是现存最早的药物学专著，为我国早期临床用药经验的第一次系统总结，历代被誉为中药学经典著作。全书分三卷，载药365种（植物药252种，动物药67种，矿物药46种），分上、中、下三品，文字简练古朴，成为中药理论精髓。
《本草纲目》是明朝伟大的医药学家李时珍为修改古代医书的错误而编,（1518－1593年）以毕生精力，亲历实践，广收博采，实地考察，对本草学进行了全面的整理总结，历时29年编成，30余年心血的结晶。全书52 卷，全书共有190多万字，记载了1892种药物（新增374种），分成60类。
《本草纲目》是集我国16世纪以前药学成就之大成，在训诂、语言文字、历史、地理、植物、动物、矿物、冶金等方面也有突出成就。本书十七世纪末即传播，先后多种文字的译本，对世界自然科学也有举世公认的卓越贡献。它是几千年来祖国药物学的总结。
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《神农本草经》又称《本草经》或《本经》，中医四大经典著作之一，作为现存最早的中药学著作约起源于神农氏，代代口耳相传，于东汉时期集结整理成书，成书非一时，作者亦非一人，秦汉时期众多医学家搜集、总结、整理当时药物学经验成果的专著，是对中国中医药的第一次系统总结。
其中规定的大部分中药学理论和配伍规则以及提出的"七情和合"原则在几千年的用药实践中发挥了巨大作用，是中医药药物学理论发展的源头。在李时珍出版《本草纲目》之前，该书一直是被看作是最权威的医书。
李时珍(约1518～1593)明代杰出医药学家。字东璧，晚号濒湖山人。蕲州(今湖北蕲春)人。世业医，父言闻，有医名。幼习儒，三次应乡试不中。师事顾日岩，读书十年。受家庭熏陶，兼好医书，遂精医药。千里就医于门，立活不取值。楚王闻之，聘为奉祠，掌良医所事。世子暴厥，治之即甦。经推荐，赴京师太医院供职一年，或云尝授太医院院判之职。
晚年因子建中为官，遂进封文林郎、四川省蓬溪知县。念本草一书历代注解者谬误亦多，遂考古证今，辨疑订误，广采博收群书，奋发编修。
参考资料：百度百科——本草纲目 百度百科——神农本草经
1、本草纲目实用价值更高。神农本草经，语言难懂，临床上面不如本草纲目多。
2、《神农本草经》又称《本草经》或《本经》，中医四大经典著作之一，作为现存最早的中药学著作约起源于神农氏。
3、本草纲目一共有52卷，而《神农本草经》全书分三卷，载药365种，以三品分类法，分上、中、下三品，文字简练古朴，成为中药理论精髓。
4、神农本草经将药材分为上中下三品，上品可常吃无毒，中品者有小毒，下品者是些泻下，或者有大毒，或者是些矿物药。 本草纲目特点是综合了前人的药材，以及李时珍自己通过努力寻找到的一些民间本草。
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自嘉靖三十一年(1552年)至万历六年(1578年)，历时二十七载，三易其稿，著成《本草纲目》五十二卷，初刊于金陵。子建中、建元、建木及诸孙皆参与绘制药图，孙树宗、树声为之校对。甫及刻成，时珍即逝。对脉学亦深有研究，所撰《濒湖脉学》(1564年)能融会先贤脉学之精华，删繁去芜，讲求实用，论述较为通俗简要，以韵体文写成，便于记诵。此书归纳脉象为二十七种，各撰体状诗、相类诗、主病诗。另著有《奇经八脉考》(1572年)，于奇经循行路线及证治规律阐发尤多。
参考资料来源：百度百科——本草纲目
1、一个是时间上的差别，《本草经》是远古时期的著作，而《本草纲目》则是到了明代才有的；
2、另一个方面说《本草经》中的内容虽少但是著的都是精华的部分，从远古时期来说，那时人们所认识到的东西倒是实实在在的真东西；
而《本草纲目》中则是收集的内容很全，但是也形成了好坏兼收的局面，所以《本草纲目》中的内容并不一定都是真正能用的到的实际东西，其中也有不少的缺点和错误，但它的特点就是全，不管是好的、坏的全都收录进来了。
3、神农本草经创作时间不明，语言难懂；本草纲目创作时间较晚，之前已经积累大量临床实践经验，且明代的气候和生物与今天差异较小，应用价值较高。
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《神农本草经》又称《本草经》或《本经》，中医四大经典著作之一，作为现存最早的中药学著作约起源于神农氏，代代口耳相传，于东汉时期集结整理成书。
书非一时，作者亦非一人，秦汉时期众多医学家搜集、总结、整理当时药物学经验成果的专著，是对中国中医药的第一次系统总结。
其中规定的大部分中药学理论和配伍规则以及提出的“七情和合”原则在几千年的用药实践中发挥了巨大作用，是中医药药物学理论发展的源头。在李时珍出版《本草纲目》之前，该书一直是被看作是最权威的医书。
《本草纲目》，本草著作，52卷。明代李时珍(东璧)撰于嘉靖三十一年(1552年)至万历六年(1578年)，稿凡三易。此书采用“目随纲举”编写体例，故以“纲目”名书。以《证类本草》为蓝本加以变革。序例(卷1、2)相当于总论，述本草要籍与药性理论。
参考资料：
神农本草经：
《神农本草经》又称《本草经》或《本经》，中医四大经典著作之一，作为现存最早的中药学著作约起源于神农氏，代代口耳相传，于东汉时期集结整理成书，成书非一时，作者亦非一人，秦汉时期众多医学家搜集、总结、整理当时药物学经验成果的专著，是对中国中医药的第一次系统总结。其中规定的大部分中药学理论和配伍规则以及提出的“七情和合”原则在几千年的用药实践中发挥了巨大作用，是中医药药物学理论发展的源头。
神农本草经全书分三卷，载药365种，以三品分类法，分上、中、下三品，文字简练古朴，成为中药理论精髓。
本草纲目：
《本草纲目》，药学著作，五十二卷，明朝李时珍撰，刊于1590年。全书共190多万字，载有药物1892种，收集医方11096个，绘制精美插图1160幅，分为16部、60类，是中国古代汉医集大成者。李时珍在继承和总结以前本草学成就的基础上，结合作者长期学习、采访所积累的大量药学知识，经过实践和钻研，历时数十年而编成的一部巨著。书中不仅考正了过去本草学中的若干错误，综合了大量科学资料，提出了较科学的药物分类方法，溶入先进的生物进化思想，并反映了丰富的临床实践。本书也是一部具有世界性影响的博物学著作。
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《本草纲目》作者简介
李时珍(约1518～1593)明代杰出医药学家。字东璧，晚号濒湖山人。蕲州(今湖北蕲春)人。世业医，父言闻，有医名。幼习儒，三次应乡试不中。师事顾日岩，读书十年。受家庭熏陶，兼好医书，遂精医药。千里就医于门，立活不取值。楚王闻之，聘为奉祠，掌良医所事。世子暴厥，治之即甦。经推荐，赴京师太医院供职一年，或云尝授太医院院判之职。
晚年因子建中为官，遂进封文林郎、四川省蓬溪知县。念本草一书历代注解者谬误亦多，遂考古证今，辨疑订误，广采博收群书，奋发编修。自嘉靖三十一年(1552年)至万历六年(1578年)，历时二十七载，三易其稿，著成《本草纲目》五十二卷，初刊于金陵。子建中、建元、建木及诸孙皆参与绘制药图，孙树宗、树声为之校对。甫及刻成，时珍即逝。对脉学亦深有研究，所撰《濒湖脉学》(1564年)能融会先贤脉学之精华，删繁去芜，讲求实用，论述较为通俗简要，以韵体文写成，便于记诵。
此书归纳脉象为二十七种，各撰体状诗、相类诗、主病诗。另著有《奇经八脉考》(1572年)，于奇经循行路线及证治规律阐发尤多。已佚医著有《三焦客难》、《命门考》(或以为实系一书)、《五脏图论》《濒湖医案》《濒湖集简方》等。次子建元，从父业医，有医名。父卒，献《本草纲目》于朝廷。四子建方，精医，中年入选太医院医士。弟子庞鹿门，传其医学；瞿九思，传其儒学。
影响评价
本书刊行后，促进了本草学的进一步发展，倪朱谟的《本草汇言》、赵学敏的《本草纲目拾遗》、黄宫绣的《本草求真》等，均是在其学说启示下而著成的本草典籍。达尔文(Chrles Robert Darwin)在其著作中亦多次引用本书的资料，并称之为“古代中国百科全书”。
英国李约瑟( Joseph Needham)称赞李时珍为“药物学界中之王子”。本书为本草学集大成之作。刊行后，很快流传到朝鲜、日本等国，后又先后被译成日、朝、拉丁、英、法、德、俄等文字。
参考资料：《本草纲目》-百度百科
区别2：神农本草经创作时间不明，语言难懂；本草纲目创作时间较晚，之前已经积累大量临床实践经验，且明代的气候和生物与今天差异较小，应用价值较高。
神农本草经：
《神农本草经》又称《本草经》或《本经》，中医四大经典著作之一，作为现存最早的中药学著作约起源于神农氏，代代口耳相传，于东汉时期集结整理成书，成书非一时，作者亦非一人，秦汉时期众多医学家搜集、总结、整理当时药物学经验成果的专著，是对中国中医药的第一次系统总结。其中规定的大部分中药学理论和配伍规则以及提出的“七情和合”原则在几千年的用药实践中发挥了巨大作用，是中医药药物学理论发展的源头。
神农本草经全书分三卷，载药365种，以三品分类法，分上、中、下三品，文字简练古朴，成为中药理论精髓。
本草纲目：
《本草纲目》，药学著作，五十二卷，明朝李时珍撰，刊于1590年。全书共190多万字，载有药物1892种，收集医方11096个，绘制精美插图1160幅，分为16部、60类，是中国古代汉医集大成者。李时珍在继承和总结以前本草学成就的基础上，结合作者长期学习、采访所积累的大量药学知识，经过实践和钻研，历时数十年而编成的一部巨著。书中不仅考正了过去本草学中的若干错误，综合了大量科学资料，提出了较科学的药物分类方法，溶入先进的生物进化思想，并反映了丰富的临床实践。本书也是一部具有世界性影响的博物学著作。