细菌细胞的结构是由细胞壁的化学成分决定的。坚硬的细胞壁有助于保护细菌细胞。
细胞壁内是细胞膜，它负责控制细胞内外物质的进出。细胞膜内的区域称为细胞质(cytoplosm)，其中含有胶状物质。在细胞质中，有一些细微的结构，叫做核糖体。核糖体(ribosome)是合成蛋白质的“化工厂”。细胞质是还存在着细胞的遗传物质，就像一条粗粗的、相互交织的毛线。如果把这些遗传物质解开，你会发现它形成了一个环形。遗传物质上包括控制所有细胞活动的指令，例如怎样在核糖体上合成蛋白质等。
细菌细胞内有细胞壁、细胞质、核糖体、遗传物质和鞭毛。鞭毛(flagellum)是一种长长的鞭状结构，由细胞膜穿过细胞壁向外突出。鞭毛能帮助细胞移动，就像人游泳时的蹬脚动作一样。一个细菌细胞的鞭毛数可能是一至数根，或者根本没有。没有鞭毛的细菌不能自主移动，只能靠空气、水流、衣服及其他事物将它们从一个地方移到另一个地方。