根据检察机关不予起诉的三种情形看，被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定：
（一）如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底；
（二）如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。简单说来就是如果检察机关认为犯罪嫌疑人本身不构成犯罪而不予起诉的就不会留下案底，但是如果检察机关是因为犯罪嫌疑人为了犯罪事实但由于某些原因而没有提起诉讼的就会留下案底。仔细想想确实也应该这样，案底本来就是对犯罪行为的一个记录，因此一旦犯罪嫌疑人为了犯罪行为就应当留下案底。
检察机关不予起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件或对自行侦查终结的案件，经审查后，认为案件具有尚未达到起诉的条件，而作出的不将案件移送人民法院进行审判的决定。检察机关不予起诉主要有三种情形。
（一）法定不起诉，其适用条件为：
1、情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
2、犯罪已过追诉时效期限的；
3、经特赦令免除刑罚的；
4、依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
5、犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
6、其他法律规定免予追究刑事责任的。
（二）酌定不起诉。由《刑事诉讼法》第177条规定：“对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。”
（三）存疑不起诉。由《刑事诉讼法》第175条第4款规定：“对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。”
【法律依据】：
《刑事诉讼法》第十五条，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的：
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事麦任的。
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