靖难之役，发生的根本原因是建文帝朱允文看到叔王们的权利都非常大，让他有一种危机感，于是下令削藩，也就是将权力掌握到自己手里，毕竟卧榻之侧岂容他人酣睡，更何况是帝王。
但削藩政策触动了藩王们的利益，而且被削藩的皇叔下场都不好，这就让燕王朱棣为了自保，打着清君侧的旗号，也是为了告诉世人：我朱棣不是想篡位，是我的侄子听信小人的话，将我们老朱的江山搞得遍体鳞伤，我是出来收拾残局的。同时朱棣还说自己是马皇后的儿子，是嫡出的皇子，也是在为自己后面做永乐帝铺路。看到这里，试想下，如果马皇后还没死，朱棣还敢反吗？答案只有两个字，不敢！
燕王朱棣名不正，言不顺
据《明史》记载：后仁慈有智鉴，好书史。后勤于内治，暇则讲求古训。母仪天下，慈德昭彰。
马皇后作为中国历史上少有的贤良淑德皇后，明史也给了她非常高的评价。马皇后从小家境殷实，父母死后被郭子兴收了义女（朱元璋职业生涯中的贵人），文化水平也非常高，属于知书达理，温文尔雅的女性。朱元璋南征北战的时候就一路相伴，可以说在军队中也是有一定的威望。
而且马皇后性格非常温和，深受百姓及群臣爱戴。举个例子，朱元璋在建立大明朝之后，杀伐之心很重，马皇后就经常劝谏他。当朱元璋因胡惟庸案要杀太子朱标的师傅宋濂时，马皇后就出面立保，最终宋濂才得以平安无事。朱元璋也想动刘伯温的时候，她也立马隐晦的告诉刘伯温让他赶紧离开是非之地，刘伯温也是立马辞官，多活了几年。
因为马皇后关心百姓及群臣这个特点，导致她的威望很高，很多将领也愿意听她的。如果她坚定的站在朱允文这边，或者明确发布懿旨，老朱的后代不准窝里斗，我想这对朱棣来说是致命的。这也会导致朱棣发起这场战争的正义性及合法性荡然无存，而且连辩解的权力都没有，也就是朱棣名不正言不顺，是篡位的行为，会被所有人批判。
削藩或许将不会实施
马皇后是在太子朱标去世前就已经病逝，朱元璋也是再也没有立后以表达对马皇后的思念。朱元璋为了给朱允文留下一个太平盛世，将可能威胁到皇权的功臣，斩杀殆尽。同时在朱元璋死之前，老二秦王，老三晋王也都病逝，燕王朱棣是资格最老的皇子。
如果马皇后在，或许朱元璋哪怕在朱标病逝后，都不会杀了那么多功臣，因为马皇后肯定会出面保下一部分，比如大将军蓝玉等。如果蓝玉活着，朱棣还敢反吗？估计朱棣就得掂量掂量自己的家底了。退一万步，如果马皇后无法阻止朱元璋清除功臣，时间点来到建文帝时期，或许削藩就不会进行。
削藩是为了将皇权集中，也是消除潜在的危险。如果马皇后依仗在军队里的威望，或许朱棣军队里就有不少受过她的恩惠，真正跟随战争的人可能就不多了。建文帝倚靠马皇后，心里就有底了，或许还会跟皇叔们关系处的非常好，毕竟有马皇后从中协调缓和。