网站被挂马原因有很多，重点检查：
1、ftp被破解或者密码泄露
2、网站本身有漏洞，及时更新补丁
3、后台密码设置简单被破解
4、空间或者vps、服务器密码被破解
解决办法：
在程序中很容易找到挂马的代码，直接删除，或则将你没有传服务器的源程序覆盖一次但反反复复被挂就得深入解决掉此问题了。但这不是最好的解决办法。最好的方法还是找专业做安全的来帮你解决掉，国内也就Sinesafe和绿盟等安全公司 比较专业.
1、隐藏好IP，做好防护。
2、网站使用CDN。就近接入，就是利用DNS服务找到离用户最近的机器，从而达到最短路径提供服务，DNS服务理论上可以找到所有这个公司的机房和IP，从而还能够进行流量的调度。
3、服务器的补丁一定及时打好，不定时更新很有必要。
4、网站后台的路径要隐藏好，很多网站都不注意这一点，很容易被攻击。
5、网站的账号密码要设置复杂点，平常注册的时候提示什么数字字母特殊符号的。
6、服务器备份。而且要及时更新备份，不要等到失去是后悔莫及。
7、服务器的防火墙。不要乱传来路不明以及不好的内容到网站的目录。
8、常用的端口都要关闭。
9、一定要开启防火墙。
10、最后注意不要存在弱命令。