1、党纪案件调查时限为三个月，必要时可延长一个月。重大、疑难、复杂的案件，在延长期内不能查结的，报经立案机关批准后可再适当延长，但延长期不得超过三个月；在三个月延长期内仍不能查结的，由省（部）级党委、纪委批准立案的案件，报经中央纪委批准，由省（部）级以下党委、纪委批准立案的案件，报经省（部）级纪委（不含副省级市纪委）批准，可再适当延长。
2、调查期间，发现被调查人有新的违纪行为的，自发现之日起，重新计算案件调查时限。因主要涉案人员出国（境）、失踪，或因不可抗力，致使调查工作无法进行的，可以中止调查。中止调查的情形消失后，案件检查部门要及时报分管领导批准，恢复案件调查，自恢复之日起，案件调查时限连续计算。
3、因被调查人员在调查过程中死亡并致使调查无法进行的，可以终止调查，予以结案。