系统工程与系统科学相互辅助，以不同领域的复杂系统为研究对象，从系统和整体的角度，探讨复杂系统的性质和演化规律，目的是揭示各种系统的共性以及演化过程中所遵循的共同规律，发展优化和调控系统的方法，并进而为系统科学在科学技术、社会、经济、军事、生物等领域的应用提供理论依据。
系统工程与系统科学有3点不同：
一、两者的特点不同：
1、系统工程的特点：技术复杂。往往需要不同行业的许多机构和不同专业的许多科技人员协同工作，涉及几千个甚至几万个单位，需要几万人甚至几十万人参加。开发期长。一般大型工程项目需要经过几年、十几年、甚至几十年的时间才能完成。
2、系统科学的特点：系统是由相互联系、相互作用的要素（部分)组成的具有一定结构和功能的有机整体。英文中系统一词来源于古代希腊，意为部分组成的整体。
二、两者的概述不同：
1、系统工程的概述：组织管理大型工程项目的规划、研究、设计、制造、试验和运行的技术。根据工程项目的不同，工程系统工程又可以分为许多分支学科，如航天系统工程、导弹武器系统工程、核武器系统工程、飞行器系统工程、电子系统工程等。
2、系统科学的概述：系统科学是在数学、物理、生物、化学等学科基础上，结合运筹、控制、信息科学等技术科学发展起来的，并在工程、社会、经济、军事、生命、生态、管理等领域得到发展与应用。系统是由相互联系、相互作用的要素(部分)组成的具有一定结构和功能的有机整体。
三、两者运用的方法不同：
1、系统工程运用的方法：在系统评价方面，可用可行性研究、技术评估、技术经济论证等方法。在系统优化方面，可用线性规划、动态规划等方法。在系统分析方面，可用成本效益分析和风险分析等方法。在预测和决策方面，可用特尔斐法、多目标决策和群决策。
2、系统科学运用的方法：系统科学研究主要采用系统论的原理和方法，并紧密结合近现代数学物理方法与信息科学技术等现代研究工具（科学计算、模拟、仿真等）。
参考资料来源：百度百科-系统科
参考资料来源：百度百科-工程系统工程
参考资料来源：百度百科-系统科学与工程
参考资料来源：百度百科-系统科学与工程专业
用定量和定性相结合的系统思想和方法处理大型复杂系统的问题，无论是系统的设计或组织建立，还是系统的经营管理，都可以统一的看成是一类工程实践，统称为系统工程。
系统科学是以系统为研究对象的基础理论和应用开发的学科组成的学科群。它着重考察各类系统的关系和属性，揭示其活动规律，探讨有关系统的各种理论和方法。系统科学的理论和方法正在从自然科学和工程技术向社会科学广泛转移。人们将系统科学与哲学相互作用，探讨系统科学的哲学问题，形成了系统哲学。
系统科学广泛应用于经济、政治、军事、外交、文化教育、生态环境、医疗保健、行政管理等部门，并取得了令人满意的结果。本回答被提问者采纳