政府组成部门和直属机构的区别就在于，组成部门的首长是由政府主要领导提名同级人大通过任命的，能够参加政府办公会和常务会议，有发言权。
直属机构的首长则有政府直接任命就可以了，可以列席政府的办公会议和常务会议，没有发言权。
国务院下属组成部门和直属单位，其直属单位的地位略低于组成部门；地方各级政府下属工作部门与直属单位，与国务院的组成部门与直属单位基本上存在对应的关系。
国务院直属机构指的是各总局、总署，国务院有权根据需要自行决定这些部门的设立及其首长人事任免事务等事项，而无需经过人大及其常委会。
政府部门管理机构，即部委管理的国家局，是由于有些事务需以国家名义行使，但有无必要设立直属机构，这些部门通过的行政命令不但需要成交国务院办公会或国务院常务会议审议批准，还应事先交由管辖的部委首长审议批准。