《十三密杀令》最后的结局是原十三肖杀手的人相甄兆人联和海瑞等人扳倒严嵩，有与杨云清以及莫大先生等人联手消练成终极魔的严世蕃，为民除害，为大明江山立。
明朝严世藩为杨继盛，遂派出豢养的杀手“十三死肖”往杨家斩草除根。杨家乃武林世家，十二死肖接连失手，藩最后唯有派出最厉害的第十三死肖“人”执行任务。适盛之子云清有事要赴武当，杨家无人能敌“人”之武，惨遭门。当“人”手刃身怀六甲的杨家媳妇时，天刚正亮，就在此刻“人”发生极大变化！原“人”只能于夜间，天亮便复现人性。“人”在日出那瞬间，良心发现痛不欲生，决背叛藩流浪江湖。藩恐“人”成后患，下令余下死肖追杀之。“人”幸得清仗义相助，得以歼所有死肖，清更不记旧仇助“人”解除毒回复常态。“人”为报答清，决以死赎前罪。
《十三密杀令》剧情简介
明朝严世藩(罗乐林饰)为杨继盛，遂派出豢养的杀手"十三死肖"往杨家斩草除根。杨家乃武林世家，十二死肖虽接连得手杀死了正奉皇命前住山东登州抗倭的杨继盛及随行侍从，但为了万无一失藩最后唯有派出最厉害的第十三死肖"人"(钱小豪饰)执行任务。适盛之子云清(张兆辉饰)有事要赴武当，杨家无人能敌"人"之武，惨遭门。当"人"手刃身怀六甲且逃跑途中临盆的杨家媳妇时，遭遇剑魔傅正武而误拿了明心镜并将它收藏起然后回去向藩复命后，拿出收藏的明心镜照着自己的脸上看时却吐出一滩毒血。
就在此刻天刚正亮，"人"发生极大变化!原"人"受蛊毒控制只能于夜间，天亮便复现人性。"人"在即将日出那瞬间感觉到自己了，良心发现痛不欲生，决背叛藩流浪江湖。藩恐"人"成后患，下令余下死肖追杀之。"人"幸得清仗义相助，得以歼余下死肖，清更不记旧仇助"人"解除内伤回复常态。"人"为报答清，决以死赎前罪……
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