江西蓝天学院的机构设置涵盖了党群、行政、教学、科研、教辅等多个部门，旨在保证学院的高效运营和全面发展。首先，党群部门包括党委办公室（统战部）、组织部、宣传部、团委、工会，负责学院的党建工作和群众活动的组织。
行政后勤部门涵盖校长办公室、人事处、教务处、学工处、科研处、财务处、外事处、审计处、资产管理处、总务（基建）处、保卫处、招生办和就业指导中心，这些部门负责学院的行政管理和日常运营，确保教学秩序和学生的就业指导。
教学单位包括汽车工程学院、机械工程学院、信息工程学院、土木工程学院、管理学院、经济与贸易学院、外国语学院、艺术设计学院、音乐舞蹈学院、服装工程学院、护理学院、工程训练中心、体育教学部、公共课教学部和思想政治理论课教学部，为学生提供了广泛的学科选择。
在教辅部门，图书馆、教育研究所、督导处、教育评估中心、信息与网络管理中心、档案馆、心理健康教育中心、考证办公室、学报编辑部以及院报编辑部和电视台，这些机构支持教学研究和学生的学习支持服务。
科研机构包括机械电子设计研究所、应用技术研究所、复杂生命动力学研究所、信息技术研究所、软件研究所、汽车研究所和自考研究所，为学院的科研创新和学科发展提供了强有力的支持。
商学院（京东校区）设有自己的机构，如党委院长办公室、团委、教务处、督导处、学工处、培训中心、保卫处、总务处、学生宿舍管理处、公共课教学部（中专部）以及多个专业系和教育与教学研究机构，专注于商学院的特色教育和管理。
江西蓝天学院是江西省专业设置最全在校人数最多的综合性民办高校，创建于1994年。始称江西省高级职业学校，江西东南进修学院，1997年成为全省首批学历文凭考试试点单位。1999年，经国家教育部批准，该院在江西民办高校中第一个进入普通高校系列，纳入国家统招成为普通高校，并更名为“蓝天职业技术学院”。2005年经教育部批准，升格为普通本科高校，定名为江西蓝天学院。2009年经省人民政府学位委员会批准，成为学士学位授予单位，拥有11个本科专业的学术学位授予权。2012年2月20日经教育部研究，同意江西蓝天学院更名为江西科技学院。