这么操作试了下，确实，在确认警告提示后，两个目录会融合在一起了，通过外壳explorer很难直接分开了，这时可以通过操作注册表来恢复。
运行注册表编辑器（regedit），定位：
计算机\HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\User Shell Folders
可以看到所有的用户文件夹定位，
检查Desktop（桌面）和Personal（个人文档）的值，它们的值默认应该是：
%USERPROFILE%\Desktop
%USERPROFILE%\Documents
由于前面改了，它们的值（目录）应该是一样的，这里把其中desktop（桌面）恢复成默认值：
%USERPROFILE%\Desktop
注销下，你会发现两个目录已经分开了。
但还有点问题，一是两个文件夹的文件应该混在原来目录了，你需要整理下，还有就是现在桌面是恢复默认值了，但文档的名字和图标有问题，需要修改下文档目录内的描述文件（desktop.ini），当然你也可以直接把这个文件删除，那就没有自定义的文件夹名称和图标了（“文档”的名称变成默认的目录名）。
你可以这样操作：
在文件夹选项中：取消隐藏系统文件，并显示隐藏文件；
打开文档目录内的【desktop.ini】进行编辑，修改内容如下：
[.ShellClassInfo]
LocalizedResourceName=@%SystemRoot%\system32\shell32.dll,-21770
IconResource=%SystemRoot%\system32\imageres.dll,-112
IconFile=%SystemRoot%\system32\shell32.dll
IconIndex=-235
桌面目录内的desktop.ini的默认内容是这样的
[.ShellClassInfo]
LocalizedResourceName=@%SystemRoot%\system32\shell32.dll,-21769
IconResource=%SystemRoot%\system32\imageres.dll,-183
这里的LocalizedResourceName是本地化名称（即中文名），你也可以直接修改成其他任意名；
IconResource对应的是图标资源，因为库文件中可以带很多图标资源，所以后面的数字是图标资源编号，你也可以改成其他的图标文件。
上面都修改好了，你会发现目录位置、名称和图标应该都正常了。