1997年马刺在第一顺位将二十一岁的邓肯带到了圣安东尼奥，就此开启了他与马刺的神奇之旅。新秀年的邓肯就以场均二十一点一分、十一点九篮板、二点五盖帽的全面数据，荣膺年度最佳新秀，并入选最佳一阵、防守二阵，而能在新秀年就入选一阵的人，除了邓肯也就是拉里伯德，更可怕的是拥有邓肯才第二年的马刺就进入了总决赛，并最终以四比一战胜纽约尼克斯，获得了队史首座nba总冠军奖杯，而邓肯以二十七点四分、十四个篮板和二点二次盖帽当选为总决赛mvp。
二十三岁61天的邓肯成为继魔术师约翰逊之后最年轻的fmvp。赛后波波维奇对着时任纽约尼克斯主教练范甘迪说道：别太难过了，我有邓肯，只是你的球队没有罢了。接下去的三个赛季，邓肯的个人数据稳定提升，并获得了01-0赛季的常规赛mvp，但马刺却连续两年未能战胜当时拥有ok组合的湖人。02-03赛季，邓肯以二十三点三分、十二点九篮板、三点九助攻以及二点九盖帽的表现蝉联常规赛mvp。
这一年邓肯是他个人职业生涯晋级水平的巅峰，就如同2000年的奥尼尔、1991年的乔丹以及2013年的勒布朗马斯，在季后赛第二轮报仇湖人一路高歌，最终以四比二战胜篮网，夺下当年总冠军。而邓肯也获得了总决赛mvp，他完全主宰了总决赛，场均得到二十四点二分、十七个篮板、五点三次助攻，加冕的第六战更是劈下了二十一分、二十个篮板、十次助攻、八次盖帽的逆天数险些成为总决赛上达成四双壮举的历史第一人。
零四年的马刺依旧强劲，在西部半决赛再遇湖人，先赢两场的他们没想到被湖人翻盘，尤其是成就了费舍尔零点四秒绝杀的名场面。一年后，马刺再次闯入总决赛，这次他们面对的是卫冕冠军底特律活塞，这轮总决赛打满七场，两队将团队篮球和防守至上的理念演绎到了极致。
在当时被媒体誉为最不具观赏性的总决赛，最终胜利的天平还是倾向了马刺这边，而邓肯就是那位带着马刺前进的巨轮，以场均二十分、十四篮板、两盖帽的成绩，毫无悬念的再次融于总决赛mvp。如果谁说邓肯不够酷，那他一定是不够懂他，一个拥有五枚总冠军戒指的男人，在即使得到大四喜的时候，也轻描淡写地说一句：“that's S COOL”的男人