因为当时的朝臣桓温想要谋朝篡位，可是司马奕虽然懦弱无能，但是也一直没有什么大的过错，为了找借口，桓温便以司马奕宠幸男宠，没有子嗣为由，将司马奕废弃。司马奕是晋成帝的第二个儿子，在刚出生的时候便被封为王爷，地位尊贵，在晋成帝去世之后，由司马奕的哥哥继承皇位做了君王。
后来司马丕为了求仙问道乱吃药，最后体内积毒太深而毒发身亡，又因为没有子嗣，所以司马奕继承了皇位。司马奕在继承了皇位之后，虽然在朝政上没有伟大的成就，但是也算是勤政爱民，朝中上下也比较平和，原本司马奕认为自己可以这样平安度日过一辈子，可没想到后来却发生了很大的变故。
当时朝廷的文武百官都以桓温马首是瞻，桓温当初娶了晋明帝的公主，无论是资历还是辈分都压过司马奕。在司马奕继位的初期，他对司马奕还是比较恭敬的，毕竟当时群臣也比较拥护司马奕，所以桓温还比较老实，可是随着他带兵先后三次伐秦的胜利，在军中积累了非常大的声望，他的野心开始悄悄的滋长。
此时国家的兵权已经全部被桓温掌控，又能号令文武百官，桓温认为自己的时机已经到来了，便准备谋朝篡位。为了给自己的谋反找一个好借口，他不惜罔顾事实真相，污蔑司马奕在后宫好男风，不能生育，断了国家传承为由，将司马奕废弃。随后桓温带兵入宫，逼迫司马奕交出了龙袍和传国玉玺，司马奕知道反抗无效，只好宣布退位。
司马奕之所以会被污蔑不能生育，完全是因为当时的权臣桓温想要谋夺皇位，但是司马奕平时非常谨慎，没有什么把柄，所以桓温才想出这么一个借口，借此逼迫司马奕下台。司马奕虽然不是什么雄才大略的的君王，但是却还算贤明，平时为人也十分谨慎，不会留下什么把柄。但是司马奕当上帝王的时间段不好，他上位之后，朝廷里权臣把持着朝政，大权旁落，司马奕虽然名义上是个帝王，但是却没有什么权力，只是个空架子。桓温大权在握，就想着谋夺皇位，于是便编出司马奕不能生育，司马奕的三个孩子都不是亲生的谣言，以此逼迫司马奕下台。
司马奕被后人称为晋废帝，因为他一上台就随时可能被废掉，随时面临着下台的危机。晋哀帝驾崩后，由于他没有后代，所以太后和司马昱扶持司马奕上台。但是司马奕上台后，内有司马昱把持朝政，外有桓温掌握大权，司马奕完完全全的被架空了。司马昱扶持司马奕上台，就是想让司马奕做他的傀儡，他在幕后掌控朝政。但是桓温不同，他想自己做帝王。于是，在司马奕做了六年的傀儡帝王后，被桓温以司马奕不能生育的理由给废了。
司马奕被废后，天天都呆在家里喝酒，以此来消除自己的烦闷，最后在公元三百八十六年病死于吴县。