毕业论文使用的是尾注，尾注和参考文献的区别在于所属领域不同：尾注是属于格式上的划分，参考文献是论文内容上的划分。
本科论文格式要看每个学校的具体要求。
一般来说脚注尾注都能用到。论文注释按照注释放置的位置可以分为当页脚注和参考文献。当页页下的脚注就是在该页面对本页文中引用的文献资料进行注释，而参考文献就是把所有的参考文献放在论文的最末尾，单独作为一个部分。参考文献是用尾注的。
参考文献是引用人家已发表的观点或者文章或者实验结果等,需要在引用的那段话后面加[1][2]这样的上标,然后文章末尾列“参考文献”时与文中的上标相对应。