剧情简介
该剧传奇地展现了司马懿（吴秀波饰）的一生，展现了一个波澜壮阔的后三国英雄时代。年轻的司马懿本是个胆小谨慎的书生，因为有“鹰视狼顾”之相，回头看了曹操（于和伟饰）一眼，从此和曹家结下了不解之缘。他被曹操强行征辟为官，一脚踏入曹家暗流汹涌的夺嫡之争。他运用谋略帮助曹丕（李晨饰）一次次通过曹操的考验，将曹丕送上世子位。他尽心竭力辅佐曹丕成为开国明主，开创新政、扶持士族、抑制宗室，为魏国的稳定富强做出了巨大贡献。他与诸葛亮（王洛勇饰）在六出祁山的较量与博弈中相知相惜，五丈原秋风一曲梁甫吟，他彻底战胜了毕生最为强大的对手，却对着飘渺的棋局失声痛哭。在他的垂暮之年，魏国主幼臣庸，他又默默积蓄力量，忍辱负重，最终一击成功，平定了魏国的内乱。他的一生有保国安民的丰功伟绩，也有残酷卓绝的明争暗算，他功过两奇伟，智谋冠天下，奠定了结束乱世的基础。
剧中司马懿是魏朝杰出的政治家、军事家。官至太傅。青年司马懿本是谨慎的弱书生，因有“鹰视狼顾”之相，回头看了曹操一眼，从此和曹家结下不解之缘。自此三国多少雄魂英豪，尽终于他股掌——离间刘备、孙权；假孙权之手，除关羽、助曹操；任诸葛孔明奇策善谋，未胜过他。
《军师联盟》的故事脱身于三国故事里的司马懿的故事，其实也是脱身于诸葛亮、曹操和刘备、孙权的故事，原故事里的主配角完全易位，换成了另一种讲述的方式。其实，最让人疑惑的还是历史，在真实的历史中，三国时代的真正胜者是司马懿作为创始者的司马家族，而非诸葛或曹魏，但在中国的历史文学里，好像这个真正的历史胜利者永远都是个站在阴冷角落里的配角。
古往今来，世人对三国多误读，认为三国第一谋士是诸葛孔明，事实上，如若三国有明星排行榜的话，拨得头筹的第一明星肯定是司马懿莫属。身为真英雄，司马懿深谙孙子兵法中“不战而屈人之兵”之道，最后终于取得整个战役的胜利，三国天下，最终尽收司马公。
司马懿和诸葛亮的关系
诸葛亮在军事上胜过司马懿，司马懿曾在很多战役上吃过诸葛亮的亏，众所皆知的比如说空城计啊，还有临死前仍让司马懿心有余悸的那一次等等，诸葛亮造的木牛流马也算是古代发明家吧，诸葛亮的军事才能往往高出司马懿一筹，但是在政治上诸葛亮叫愚忠，刘禅不思进取而且听信谗言，刘备不是死前对诸葛亮说他可以取而代之吗，但诸葛亮为报刘备之恩一只尽心尽力为汉室打天下。而司马懿却能够取曹而代之，最后统一六国，成就就不可谓不小。
在《三国志演义》小说中，司马懿是作为诸葛亮的第一对手出现的。也正因为司马懿坚忍不拔的战略作风，最终诸葛先生北伐失败，客死五丈原。不过，尽管身为敌手，同为战略指挥家的诸葛和司马可谓惺惺相惜。当初，司马懿尚未出山，诸葛先生就如是评价说：司马懿“乃世之英雄”（卷十九《孔明秋夜祭泸水》）。你看，曹孟德评价刘备是真英雄，诸葛亮也给予司马懿高度评价，可谓：慧眼识英雄，英雄惜英雄，惺惺相惜。
诸葛亮被黑化了吗?
身为“千古第一贤相”，诸葛亮征战南北，向来谈笑风生，之所谓，笑曹操，气周瑜，惊夏侯，但唯独对司马懿小心翼翼，不敢掉以轻心。怎么说呢？像曹操，聪明智慧，但偶尔也会出现失误。像周瑜，真英雄，但气量过于局促。而司马懿这个人深谙道家三昧和兵家之道，几乎找不出任何破绽，这种人就难对付了。所以，诸葛先生在《司马懿智擒孟达》（卷十九）中才说：“平生所患者，独司马懿一人而已。”
值得一提的是，《军师联盟》这部大戏则将目光着眼于司马懿这个传奇人物身上，就此做了大量演绎。所以，《军师联盟》主要讲述了司马家和曹家两大家族的爱恨情仇、乱世争斗的故事，有隐忍奇谋、对酒当歌，更有英雄相惜、风云好合。总之，这是一个全新复活、与众不同的司马懿个人打拼奋斗史和英雄风云史。
诸葛亮的结局是什么样?
刘禅派遣尚书仆射李福前来问候，同时询问国家大事。李福来到，诸葛亮谈话完毕，辞别而去，几天之后又回来。诸葛亮说：“我知道您返回来的意图，近来虽然整天谈话，有些事还没有交待，又来听取决定了。你所要问的事蒋琬适合。”李福道歉说：“日前确实不曾询问，如您面年这后，谁可以担负重任，所以就又返回。再请问蒋琬之后，谁可承担重任?”诸葛亮说：“费可以继任。“又问费祎之后怎么样?诸葛亮没有回答。
八月，诸葛亮病故于五丈原(诸葛亮 宝鸡境内)，享年五十四岁。杨仪等率军还，姜维等遵照诸葛亮遗嘱，秘不发丧，缓缓退军。司马懿率军追击，见蜀汉军帅旗飘扬，孔明羽扇纶巾坐在车里。司马懿怀疑是孔明用计诱敌，赶紧策马收兵，于是便有“死诸葛吓走活仲达”一事。
这六次用兵，出祁山只有两次;第四次是魏军主动进攻，蜀军防守，由于连日大雨，山洪暴发，冲毁栈道，蜀魏并未交战。大军返回成都后，刘禅追谥诸葛亮为忠武侯。诸葛亮遗言命令部下将自己葬在汉中定军山，依山势修建坟墓，墓穴仅能容纳下棺材，穿平时的衣服入殓，不必用其他器物殉葬。诸葛亮死后30年，司马昭派遣邓艾、钟会伐蜀。他的长子诸葛瞻和长孙诸葛尚一起在绵竹之战中战死沙场。