在2003年12月，中铁建电气化局四公司的历史进程中发生了重要转变。根据铁道部关于主辅分离辅业改制的政策，该公司与运输业务的主体分离，并融入新成立的中铁二十五局集团。在同年7月，它与广州铁路广州电务工程有限公司合并，组建成为中铁二十五局集团电务工程有限公司。
进一步发展，2005年3月，该公司再次调整，脱离原有结构，划归至新组建的中铁建电气化局集团有限公司，正式更名为中铁建电气化局集团第四工程有限公司。这次改革旨在适应铁路快速发展的需求，尤其是铁路电气化建设的日益增长。
同年11月，为了强化竞争力并整合资源，中铁建电气化局集团做出了重大决策，将集团第一工程有限公司的第三分公司、第五分公司的部分部门，以及攀枝花分公司整体并入第四工程有限公司。这次整合不仅扩大了公司的业务范围，也标志着公司战略转型的深化。
中铁建电气化局集团第四工程有限公司前身为广州铁路长沙电务工程公司，成立于1974年，原隶属于广州铁路集团公司。