南京大学四大王牌专业分别为:中国语言文学，天文学，地质学，图书情报管理。
1、中国语言文学
南京大学中国语言文学系是南京大学历史最悠久的系科之一，也是南京大学学术力量最强的系科之一，南京大学的中国语言文学系的历史可以追溯到1902年建立的三江师范学堂和1888年美国基督教会在南京建立的汇文书院。该系是国家文科人才培养和科学研究基地，设有中国语言文学博士后流动站，中国文学项目首先进入“211”工程，并首批获得国家博士学位一级学科授予权。同时中国语言文学在第四轮学科评估中被评为A级学科。
2、天文学
南京大学文学院的前身是南京大学中国语言文学系，是南京大学历史最悠久的系科之一，也是南京大学学术力量最强的系科之一，南京大学的天文系还拥有亚洲最厉害的南京紫金山天文台提供技术支持，同时南京大学的天文学也是国家级特色专业，在四轮学科评估中，南京大学的天文学还被评为A+学科。
3、地质学
南京大学的地质学是国家一级重点学科和江苏省重点建设优势学科，“地质资源与地质工程”是“十三五”江苏省重点学科，南京大学的地质学也是国家级特色专业，在第四轮学科评估中，南京大学的地质学被评为A+学科。在国际合作交流方面，南京大学与国内外几十所大学和研究机构建立了广泛的科研合作交流关系，成功主办了一系列国际、国内学术会议，为了开阔学生的视野，南京大学还进行国际化教学交流，先后与美国、德国、澳大利亚、去国、日本、奥地利、加拿大等国地质院所开展人才培养交流合作。
4、图书情报管理
南京大学是国内体系齐全、层次齐备的图书情报专业人才培养基地，先后涌现出缪荃孙、柳治徵、洪有丰、李小缘、刘国钧、万国鼎、戴志骞、施廷铺等杰出学者南京大学的的中国社会科学引文索引还是国家、教育部重点课题改关项目，同时在第四轮学科评估汇总，南京大学的图书情报与档案管理被平为A+学科。