共同出资购房在办证时的份额是可以双方约定的，特别是《物权法》颁布以后，在这方面规定的比较详细。现实中，还有双方约定的份额是：百分之九十九点九与百分之零点一。
不知道你们已经共同出资购买的房屋，产权证办没办？如果你们的产权证（包括共有证）已经办好，那么在感情出现问题的时候，想要转移到一个人名下（这里叫转移登记），有下面几种方法：
1、两人签订房屋买卖协议，把一方名下的份额卖给另一方，到房产管理部门办理交易过户手续，这里需要缴纳印花税千分之一、契税百分之二（面积超过144平方米是百分之四），还有办理交易过户登记的费用。这里需要指出的是，如果你们的共有产权证办理之日至转移登记之日未满五年，还需要缴纳百分之五点六五的营业税，和收益部分百分之二十的个人所得税（这是去年国务院七部委联合下文规定的）。
2、赠与，就是把一方名下的份额无偿赠与给另一方（你们私下怎么协议都可以），这里需要缴纳百分之四的赠与税，和办理产权证的相关费用。
3、如果你们产权证和结婚证都办好了，可以借助法院。就是起诉离婚，由法院把房产判决给一方，这样凭法院的判决书到房产行政主管部门办理产权证，不需要缴纳任何税，只要交一些办证的相关费用就可以了。
参考资料
《物权法》、《房地产管理法》
具体根据你的实际情况。
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