1、材质不同
合金是一种超高硬度且非常耐磨的材质，唯一缺点容易断，但是耐磨性极强，好的合金材质是非常好用的，且价格极高。
高速钢钻头一种不易断且耐磨度等等来说都是非常好的，一般来说对于有需要的工厂高速钢钻头其实是性价比更好的，因为单价低且质量也还算可以，一般情况采用高速钢钻头就好，除非碰到及其刚硬的材质，高速钢钻头加工不动，再选择合金钻头。
2、物理性能不同
合金钻头一般是指硬质合金钻头，可区分为整体式、焊接式、可转位刀片式和可换头式。合金的主要成分是碳化钨，钴等，硬度比较高，一般都在HRC90度以上，适合加工热处理后的钢件以及难加工材料。合金钻头本身硬度高，热处理过后的产品硬度提高所以必须使用合金钻。
高速钢钻头材质是一种成分复杂的合金钢，含有钨、钼、铬、钒、钴等碳化物形成元素。合金元素总量达10～25%左右。它在高速切削产生高热情况下仍能保持高的硬度，HRC能在60以上。
高速钢钻头在高速切削产生高热情况下仍能保持高的硬度，HRC能在60以上。硬质合金钻头具有硬度高、耐磨、强度和韧性较好、耐热、耐腐蚀等一系列优良性能，特别是它的高硬度和耐磨性，即使在500℃的温度下也基本保持不变，在1000℃时仍有很高的硬度。
3、特点不同
高速钢钻头的特性，高速钢钻头常见钻头材质型号为HSS、HSSE等材质，高速钢统一特性就是耐磨不易断其弊端就是硬度有局限，有先材质无法加工，而众多生产企业为何选择高速钢最为钻头原材料。
其一就是因为高速钢的材料价格适中，而它能够加工的材质也有很多，如生产最常见得环保铁，铝，铜，好一点的高速钢含钴高速钢也可以很好的加工303,304不锈钢，所以说选择高速钢最为钻头的原材料也是很合理的。
合金钻头是一种高硬度高单价的高端材质，合金钻头一般都会高于高速钢价格，只因为合金的因素，合金钻头是一款高硬度耐切削切可加工超高硬度的一款材质。
例加工316和45号刚，等硬度达到高速钢期限的材质，这个时候可能就要特殊选择高硬度硬质合金了，还有加工常用的铣刀，大部分也是选择合金最为原材料，但合金钻头的弊端也是有的那就是非常脆，如孔加工时中心点不够准确，就会很容易断裂，这可以说是合金钻头唯一的弊端。
参考资料：
硬质合金钻头，硬度高，耐磨损，效率高，韧性稍差,因此对机床刚性和主轴的跳动和转速都有要求!
含钴高速钢包括普通高速钢,韧性较好,刃口可以处理的很锋利,比较适合加工一些比较粘的材料,当然强度较低的材料就更不在话下了,但是它的耐高温,耐磨损性能就相对差一些了,钻速也不高!!
所以钻头的选择还是要根据你的工况来选择的,