复旦大学和北京化工大学都是中国著名的高校，但在生物工程专业上，复旦大学的生物医学工程专业在国内和国际上享有很高的声誉，被认为是该领域的一流专业之一。北京化工大学的生物工程专业也在相关领域内有一定的影响力，但在综合声誉和排名上可能相对复旦大学稍逊一些。
选择学校和专业时，你可以考虑以下因素：
专业排名和声誉： 查阅相关的学科排名和学校声誉，了解该专业在不同学校的状况。
课程设置： 比较两所学校的课程设置，看看是否符合你的兴趣和学习需求。
教学质量： 了解专业教师的背景、科研成果以及教学水平，这将直接影响你在专业学习过程中的体验和收获。
实习和就业机会： 了解学校是否有良好的实习合作和就业资源，这对于你日后的职业发展至关重要。
研究机会： 如果你有意向从事科研，可以关注学校是否有丰富的科研机会和实验室设施。
地理位置： 考虑学校所在城市的地理位置、生活成本以及对你未来发展的影响。
最终的选择应该根据你个人的兴趣、目标和情况来决定。你可以多方面了解这两所学校的生物工程专业，包括网上查询、咨询老师、学长学姐等，以便做出更好的决策。