三角洲基底为扬子准地台的一部分。喜马拉雅构造运动中断沉降。第四纪新构造运动中,地壳和海平面频繁升降,最后一次大海侵结束后,长江携带的泥沙不断沉积,开始在江口发育三角洲。
由于科氏力的作用,主江流不断右偏,使江口沙群依次并入北岸。红桥期、黄桥期、金 沙期、海门期、北沙期等形成的沙坝、沙洲群,形成今天长江北岸最大的冲积平原城市盐城,以及邗江、泰兴、靖江、如皋、如东、南通、海门、启东诸县地。江口附近的崇明、长兴、横沙等沙岛,也将按此规律并入北岸。江口沙嘴也同步延伸。
北岸沙嘴延伸为今三角洲北界,地面高6米至8米。
南岸沙嘴经江阴、太仓、外冈、马桥一线向东延伸,地面高程4、5米至6米左右,与钱塘江北岸相连后达杭州湾。沙嘴内侧的浅水海湾被淤封成为古太湖的前身。此后浅水海湾不断淤浅,逐渐演变为湖荡罗布、河道交错的低平原。南岸沙嘴外侧滨海地区不断淤积成滨海平原。
三角洲上散布着一系列海拔100米至300米的残丘,大部由泥盆系砂岩和石炭、二迭系灰岩构成,少数由燕山期花岗岩和粗面岩组成。
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