内蒙和外蒙的边境是按照喀尔喀蒙古和内扎萨克蒙古的边界划分的，后者比前者更早归附清朝。
中蒙划界问题的关键是如何确定实际控制线的问题，在雅尔塔协定中美苏达成“外蒙古（蒙古人民共和国）维持现状”的密约，这里的维持现状也就包括维持“蒙古人民共和国实际控制地域现状”的内涵。
1945年国民政府和苏联谈判，曾将提到外蒙独立后疆界按照丁文江申报地图为界，但后来在苏联的压力下放弃了，国民政府后来也承诺外蒙古独立后“以现疆界为边界”。
1949年建国前，国外出版的地图对中蒙实际控制线是有反映的。1962年新中国和蒙古勘界，也是按照国民政府同意的实际控制原则定界，所勘定的边界走向和1945年美版地图、1948年俄版地图上的边界基本一致。
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蒙古分为内外蒙古的原因：
1、地理上的原因。
人类的历史就是地理史，地理造就文化。两河文化，黄河文化，长江文化，都是依存地理而发芽的。而内外蒙古其实也是地理上的原因。在内外蒙古之间有一片大漠，将巨大的草原一分为二，游牧部落自然而然就依着这个地形形成割据。
2、历史上的原因。
其实内外蒙古之分早在中国古代已有。蒙古人的历史叙事里，匈奴人、突厥人等蒙古高原上的游牧民族都是他们遥远而光荣的祖先，因此内外蒙古之分便要追溯到匈奴时代。
内外蒙古的说法则始于清朝：明末清初的时候，努尔哈赤带领的女真在白山黑水中崛起了。史上帝国崛起总少不了腥风血雨，漠南蒙古因为跟东北的女真近，所以两者冲突必然是在所难免的。
于是内外蒙古的分别在明末清初便开始形成。靠近汗部，在呼和浩特周围的各部，也就是当初拥立皇太极兼任蒙古可汗的各部被称作“内扎萨克”，也是清朝认为地位最高的蒙古人，而且他们最为忠诚可信，地理位置也接近中原，容易控制。
内扎萨克蒙古各部历来都有和清朝皇室通婚的传统（但只有清世祖的母亲是蒙古人）。内扎萨克蒙古和八旗察哈尔这些内属蒙古之外的，分布于戈壁沙漠以北，新疆，青海的蒙古被称作外扎萨克蒙古，其中自然包括喀尔喀部。
由于他们归顺较迟，距离又远地位也较低，这一点和蒙元时期划分社会等级有相似的原因。而内外扎萨克蒙古便是后来内外蒙古的雏形。大约在清朝末年已经形成了与现在相似的内外蒙古的概念。
参考资料：百度百科-外蒙古
参考资料：百度百科-内蒙古
内蒙和外蒙的边境是依据《中华人民共和国和蒙古人民共和国边界条约》划分的，中蒙边界东起内蒙古自治区满洲里市西北的646．7高地，西至新疆阿勒泰北面的奎屯山，全长4677公里。
条约在1962-1964年由两国政府共同划定的。1984年两国政府对边界进行了首次联合检查。中蒙两国长期以来是友好邻邦。中蒙边界未发生大的争战。
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新中国与外蒙关系：
1949年1月，毛泽东曾非正式地试图通过米高扬向苏联提出要求，希望外蒙古回归中国，但遭到拒绝。外蒙古也已经在事实上脱离中国的统治近三十年，并且于1946年被中华民国国民政府所承认，故中华人民共和国刚成立后不久，1949年10月16日即和蒙古人民共和国建交。
新中国的政策是承认外蒙古的独立地位。1949年3月5日毛泽东在七届二中全会上表示：不承认国民党时代的任何外国外交机关和外交人员的合法地位，不承认国民党时代的一切条约。
但中苏后来发表公告称：“1945年8月14日中苏签订的条约约定均已失去效力，但双方政府确认，蒙古人民共和国的独立地位已因1945年的公民投票及中华人民共和国业已与其建立外交关系而获得了充分保证。”
1950年毛泽东第一次出访苏联，本打算与斯大林讨论对新中国的援助和外蒙古问题，却受尽了斯大林的冷落。
为争取苏联外交支持，双方签订《中苏友好同盟互助条约》，废除《中苏友好同盟条约》，保证了苏联归还旅顺军港、大连行政权和中国长春铁路的管理权等苏联根据旧条约获得的在中国东北的一切利益。
1950年7月3日，毛泽东接受蒙古人民共和国首任驻华特命全权大使呈递的国书，中蒙两国正式成立大使级外交关系。在1950年代，中国向蒙古输送了工人帮助其建设。
现在的划分依据：
中蒙划界问题的关键其实是如何确定实际控制线的问题，在雅尔塔协定中美苏达成“外蒙古（蒙古人民共和国）维持现状”的密约，这里的维持现状也就包括维持“蒙古人民共和国实际控制地域现状”的内涵，1945年国民政府和苏联谈判，曾将提到外蒙独立后疆界按照丁文江申报地图为界，但后来在苏联的压力下放弃了，国民政府后来也承诺外蒙古独立后“以现疆界为边界”，这说明国民政府在外蒙国界问题上是同意实际控制原则的，只是当时双方还没有来得及勘定国界而已，1949年建国前，国外出版的地图对中蒙实际控制线是有反映的。1962年新中国和蒙古勘界，也是按照国民政府同意的实际控制原则定界，所勘定的边界走向和1945年美版地图、1948年俄版地图上的边界基本一致。
戈壁沙漠以北的喀尔喀蒙古降清较晚，为外蒙古。
作为两者之间的分界的戈壁沙漠大部分被划在外蒙古一侧，当时也没有人对这些荒漠感兴趣。
在大兴安岭以西的呼伦贝尔蒙古，与外蒙古中间并没有沙漠阻隔，但因为中东铁路经过该地区的缘故，有中国方面的驻军和不少汉族人，所以外蒙古“独立”吞并呼伦贝尔的图谋未能得逞。
新疆北部的阿勒泰地区在清朝时原属于外蒙古管辖，但民国时新疆地方当局及时派军队占据阿勒泰，外蒙当局无可奈何。本回答被提问者采纳