教育部、财政部和农业部联合发出了关于“新农村卫生新校园建设工程”试点工作的通知，提出了两种主要的建设模式。
模式一：“生态厕所+沼气池+食堂改灶”。针对200人左右的走读制中小学，重点是厕所的改建，与沼气池联动，配备沼液回流冲厕设施。沼气用于教师烹饪和学生热饭烧水，产生的沼肥则作为环保的有机肥料，适用于周边农田施肥。
模式二：“生态厕所+沼气净化工程+食堂改灶”则针对300人以上的寄宿制学校，模式一的基础上增加生活污水净化沼气池，处理食堂、浴室和宿舍的污水和粪便。同样，沼气用于师生烹饪，沼肥作为有机肥料。
各地在实施时，应考虑经济、社会和资源条件，以及学校规模，选择最适合的模式。优先在传染病高发、水污染严重以及具有示范效应的地区开展试点。学校厕所建设遵循《农村学校卫生厕所建造指导意见》（教体艺厅〔2004〕10号），女生每15人一个蹲位，男生每30人一个，每40人配置1米长小便槽。
项目的技术和建设成本参照《2006年“新农村卫生新校园建设工程”技术指导参考》和《投资测算表》（附件3和4），为试点工作的顺利进行提供指导和预算参考。
教财〔2006〕12号