三方协议签完后如果工作单位有管理档案的资质，档案在三方协议签订的单位，如果单位没有管理档案的资质，档案在单位指定的机构，如果没有填写单位一般会打回原籍。
《普通高等学校毕业生就业工作暂行规定》第九条 高等学校的主要职责： 1、根据国家的就业方针、政策和规定以及学校主管部门的工作意见，制定本学校的工作细则； 2、负责本校毕业生的资格审查工作，及时向主管部门和地方调配部门报送毕业生资源情况； 3、收集需求信息，开展毕业生就业供需见面和双向选择活动，负责毕业生的推荐工作； 4、按照主管部门的要求提出毕业生就业建议计划； 5、开展毕业教育和就业指导工作； 6、负责办理毕业生的离校手续； 7、开展与毕业生就业有关的调查研究工作； 8、完成主管部门交办的其他工作。