1、《超梦的逆袭》（超梦）
《超梦的逆袭》是一部由《神奇宝贝》动画系列总导演汤山邦彦导演的1998年日本动画电影。这是《神奇宝贝》动画系列第一部剧场版。
故事讲述超梦是在一座孤岛的研究所里，由从化石中重新取得的梦幻——一种极为珍稀并一度被认为已经灭绝的神奇宝贝——的DNA创造出来。超梦对于自己无非是一个试验产品的观念感到痛苦并摧毁了实验室。紧接着它遇到了火箭队的首领坂木，
后者提议超梦为其捕获神奇宝贝，而作为交换坂木将帮助超梦控制其力量。在接下来的数月里，超梦不断被训练，于坂木的道馆中与挑战者对战并于野外控制神奇宝贝们以便于火箭队捕捉。超梦最终意识到坂木无非是将它当作了工具，随即超梦摧毁了火箭队总部。在击败坂木后，超梦回到了它被创造出的岛屿并开始密谋对人类实施报复...
2、《洛奇亚的爆诞》（洛奇亚）
《梦幻之神奇宝贝 洛奇亚爆诞》是一部由汤山邦彦导演的日本动画电影，也是神奇宝贝系列第二部剧场版。补充了动画原作橘子群岛的场景设定，并介绍了数只包括洛奇亚、河马王在内的新神奇宝贝。在动画原作中暂时离队的小刚客串演出，保护了内木博士的实验室。
剧场版主体和时长20分钟的短篇。这部电影背景设定在橘子群岛，小智一行刚刚来到亚西亚岛的时候。此行期间他们发现了火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟三只传说中的神奇宝贝。与此同时，一个名为吉尔露太的神奇宝贝收藏家尝试捕捉三只神鸟以唤醒洛奇亚。
3、《结晶塔的帝王》（炎帝）
《结晶塔的帝王》是一部由汤山邦彦导演的日本动画长片，于2000年7月8日在日本上映。与前作《梦幻之神奇宝贝 洛奇亚爆诞》相同，该作在正片前放映了短片《皮卡丘和皮丘》。
淘气的皮丘兄弟首次登场，并帮助皮卡丘和小智重逢。这也是第一部在IMAX影院中公映的神奇宝贝剧场版。逼真的结晶效果和未知图腾一起创造出了3D效果。
4、《雪拉比穿越时空的遭遇》（雪拉比）
《精灵宝可梦：时拉比穿梭时空的相遇》是一部汤山邦彦导演根据《精灵宝可梦》系列动画制作的2001年日本动画电影。这是《精灵宝可梦》的第四部剧场版，于2001年7月7日在日本电影院上映。
标语为“好想与这样的宝可梦相遇”。于2007年5月21日再次在迪士尼第二有线电视网的播送，这使得它成为第三部在迪士尼第二有线电视网播送的精灵宝可梦剧场版。
5、《水都的守护神拉帝亚斯和拉帝欧斯》（拉帝亚斯、拉帝欧斯）
《水都的守护神 拉帝亚斯和拉帝欧斯》是一部汤山邦彦导演，根据神奇宝贝系列动画制作的2002年日本动画电影。该片是第五部神奇宝贝剧场版，剧情基于神奇宝贝无印篇（城都篇）。
讲述了小智一行人在城都地区的奥多马雷的旅行，故事主要讲述了一行人在旅途中结识拉帝亚斯与拉帝欧斯，并帮助其化解危机的故事。剧场版主要取景于意大利威尼斯。
6、《七夜的许愿星基拉祈》(基拉祈)
《七夜的许愿星 基拉祈》是神奇宝贝系列第六部剧场版，也是第一部引入了神奇宝贝超世代中角色的剧场版。随片放映了《神奇宝贝的跳舞秘密基地》。电影于2003年7月19日于日本影院上映，其主要场景法恩斯，取景自中国湖南的武陵源。
电影围绕神奇宝贝系列动画主人公小智及其同伴小胜等人邂逅传说中的神奇宝贝基拉祈，并在后者借助千年彗星的能量苏醒的7天内与其结伴同行、互相帮助的故事。