红海之所以含盐量较高，原因在于这里地处热带、亚热带，气温高，海水蒸发量大，而且降水较少，年平均降水量还没有200毫米。红海两岸没有大河流入。在通往大洋的水路上，有石林岛及水下岩岭，大洋里较淡的海水根本无法流入，红海中较咸的海水也无法流出。科学家还在红海底部发现几处“热洞”，面积都比较大。大量岩浆沿着地壳的裂隙涌到海底。岩浆使周围的岩石和海水温度上升，出现深层海水的水温比表层还要高的稀奇现象。热气沸腾的深层海水泛到海面，加快了蒸发的速度，使盐的浓度越来越高。因此，红海的水相比其他地方的海水要咸得多。
有史以来，红海一直是一条活跃的商业通道。自1869年苏伊士运河通航后，这里更成了连接大西洋、地中海与印度洋之间的交通要道，战略位置极为重要。
由于受副热带高压带和东北信风带的控制，红海成为典型的热带沙漠气候，蒸发旺盛，降水稀少，炎热干旱。红海的气候是由两个季风季节组成，东北季风和西南季风，季风是由陆地和海洋的温差造成。红海是世上最热和盐度最高的海洋之一，红海和周边地区的降雨量稀少，每年只有0.03米，一般以雷暴、沙尘暴的形式下雨。由于低降雨和欠缺淡水注入，所以会出现每年205厘米的净蒸发和高盐度现象。
红海最显著的特点莫过于它的“热”。地球海洋表面的年平均水温是17℃，而红海的表面水温最高可达27℃～32℃，即使是200米以下的海洋深水，温度也保持在21℃。更为奇特的是，在红海深海盆中，水温竟有60℃之高。