首先，秦王朝的灭亡，不仅有农民起义的因素，也有东方百姓不认可秦朝的因素。我们常说秦始皇完成了中国的统一，但是秦始皇的统一其实是建立在武力基础上的军事征服。对于东方各国的百姓而言，其实缺乏对秦国的认同。设想你穿越回去成了一个楚国人，当秦军打过来的时候，你是会反抗，还是会欢呼呢？这正是因为这样，所以秦始皇灭六国整整用了九年多的时间。所以，等秦始皇去世后，一旦遇到秦国的统治力下降，就会出现东方各国的复国运动。
我们看到，陈胜起兵之后不久，东方六国全部复活。而且，最初复活六国的人，并不是过去的旧贵族，而是平民。比如陈胜、武臣、韩广等人，都是平民。而在他们失败后，原来的六国旧贵族才又进一步掌握了反秦斗争的领导权。相反，我们看到隋朝末年的农民战争中，基本没有出现过复国运动。
隋朝也是终结了数百年的分裂局面。但隋朝在统一的时候，并没有遭遇到太大的反抗。隋朝在没陈的时候，五十万大军南下，却基本没有发生什么战斗。这是因为，在经历了两汉四百年的大一统之后，天下一家的观念深入人心。“金陵王气黯然收”之后，陈朝的百姓很自然地就转换为隋朝的百姓，他们对隋朝并没有什么抵触情绪。所以当隋朝末年出现天下大乱的时候，并没有什么南方人主张再恢复陈朝的。
其次，秦王朝灭亡后，新建立的王朝是西汉，西汉王朝的统治集团和原来的秦王朝之间并没有什么瓜葛。刘邦君臣是典型的布衣将相之局，刘邦本人出身平民，他手下的主要功臣也都出身平民。在西汉王朝的统治集团之中，除了张良等极少数的人之外，也基本没有原东方各国旧贵族的身影。相反，隋朝灭亡之后，新建立的王朝是唐朝，唐朝的统治集团和原来的隋朝之间却有着千丝万缕的联系。李渊集团本身就是隋朝的皇亲国戚，李渊是隋炀帝的表弟，被封为唐国公。李唐王朝建立后，其核心统治集团也由关陇贵族构成。
再次，由上面的这个不同点，也引出了另外一个不同，革命与禅让。秦王朝的灭亡，是由于直接的军事原因。当刘邦的军队出现在咸阳城外之时，秦王子婴内无粮草，外无救兵，他只得系组出降，秦王朝灭亡。而隋朝则不同，天下大乱之后，李渊趁机从太原起兵，接着攻占了长安。他并没有立即称帝，而是在长安城中找到隋炀帝的孙子代王杨侑，立他为帝。到了第二年春，隋炀帝在江都被杀之后，618年五月，杨侑退位，举行了个禅让仪式，把皇位让给了李渊。李渊登基称帝，建立大唐。杨侑被封为酅国公，一年以后莫名其妙地死去。
综合以上的分析，要问秦朝和隋朝灭亡的根本原因是什么，只有一个：暴政！秦始皇本人的残暴统治给秦朝的灭亡埋下了祸根，秦二世在秦始皇暴政的基础上有过之而无不及，百姓走投无路，只能揭竿而起。同样的，隋炀帝即位后，十四年间将大好江山折腾得面目全非，百姓流离失所，也只好官逼民反。哪里有压迫，哪里就有反抗，这是历史的绝对真理。我想大家可能都读过贾谊的《过秦论》，我就不再重复了。我就用贾谊《新书·大政》篇里另外一句话来结束吧:“故自古至于今，与民为仇者，有迟有速，而民必胜之。”