⑴产业导向不同。根据上述程序分析，外商投资企业在立项阶段必须符合我国的产业政策规定，包括《指导外商投资方向暂行规定》和《外商投资产业指导目录》。具体分为鼓励类、允许类、限制类（分为甲类、乙类）和禁止类行业。根据不同行业，分别由不同层级的政府部门审批。
我国对外商投资企业的产业导向规定相对比较具体和全面，而内资企业没有比较集中、统一的产业指导目录，其设立的产业依据比较零散。国务院1997年12月制定的《当前国家重点鼓励发展的产业、产品和技术目录》首次对内资企业投资方向进行比较全面的指导性规定，并对国家鼓励发展的内外资项目首次按照一种方式确认，显示出我国宏观调控产业政策的调整并轨倾向。
⑵出资期限不同。我国对设立外商投资企业实际上采取“授权资本制”，即允许投资方按法律和合同规定分期缴纳出资。外商投资企业在获批后，可先领取一定期限（目前为半年）的营业执照，在缴清注册资本后，根据验资报告申领与经营期限相符的营业执照，即“先登记，再出资”。但外商投资股份有限公司由于其特殊性和对公共利益的显著影响，其注册登记与内资股份有限公司相同，必须由发起人和认股人缴足认购的股份，在注册资本验资后方可申办工商注册登记手续，采取“先出资，再登记”的方式。
根据《公司法》、《公司登记条例》和《企业法人登记管理条例》，我国对设立内资企业实行“实缴资本制”，规定公司的注册资本必须与全体股东在公司登记时实际出资额相等，即“先出资，再登记”。今后我国在公司实践规范化、资本扩大化等条件成熟后，可能对设立内资企业也实行“授权资本制”。
⑶投资的主体要求不同。根据现行法律规定，外商投资企业可由外国公司、企业和其他经济组织或者个人与中国的公司、企业或者其他组织在中国境内经中国政府批准设立。根据外经贸部、国家工商局1987年9月21日《关于严格审核举办中外合资经营企业中方法人资格的通知》规定，“中方合营者必须是根据我国《民法通则》第三十六条至第四十九条规定依法成立的‘企业法人’，或是取得法人资格的其他经济组织。”，这实际上排除了个人独资企业、合伙企业、科研院所和学校等事业单位、个体工商户等其他经济组织和个人投资于外商投资企业（实践可能有个别地方突破这一规定）。另外，允许外国和港澳台地区、华侨个人单独设立对外资企业（通常成为外商独资企业），包括有限责任公司，这实际上是对我国设立“独股公司”或“一人公司”的突破。而对内资企业，除国有独资企业、公司外，其他企业一般由两个以上的个人或企业投资即可，无须企业法人资格的硬性要求。
⑷核准的经营范围不同。目前我国仍沿袭计划经济体制下的作法，对外商投资企业的经营范围实际上实行“项目公司制”，一般严格立项批复的要求核定投资者申请的经营范围。除投资公司外，外商投资企业只能根据申办的具体项目申请其经营的行业范围，跨行业经营范围一般难以获批。相比之下，内资企业的经营范围核定相对宽松地多，除特殊行业外，基本不受什么限制。从市场经济的角度和我国加入世界贸易组织后的考虑，应给予市场主体充分自由的活动空间，协调好公平与效率的关系，营造公平竞争的市场环境。
另外，根据中共中央和国务院有关文件精神，为鼓励外商到中西部地区投资，对外商投资企业到中西部地区再投资的项目，凡外资比例达到25％以上的，均可享受外商投资企业待遇。这意味着具有中国“国籍”的外商投资企业可以以其资产到中西部地区再投资兴办新的外商投资企业。由于缺乏相应具体规定，中西部各省、直辖市、自治区的具体作法也不尽一致。
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