如果从就业率来看机械设计制造及其自动化要好一点。
机械设计制造及其自动化毕业后可以去的单位较多，而电气工程及其自动化毕业后一般要去大的供电公司或电建公司，就业难度较大。
其次，从待遇方面来看，电气工程及其自动化要好一些。特别是国家电网或南方电网待遇更好。学习机械设计制造及其自动化和电气工程及其自动化专业都要有较好的物理知识，
但是两科各有侧重:机械设计制造及其自动化侧重力学知识，电气工程及其自动化侧重电学知识。学习机械设计制造及其自动化专业，要求动手能力较强。
一、学科不同
1、电气工程及其自动化：涉及电力电子技术，计算机技术，电机电器技术，信息与网络控制技术，机电一体化技术等诸多领域，是一门综合性较强的学科。
2、机械设计制造及其自动化：是研究各种工业机械装备及机电产品从设计、制造、运行控制到生产过程的企业管理的综合技术学科。
二、培养目标不同
1、电气工程及其自动化：培养具有工程技术基础知识和相应的电气工程专业知识，具有解决电气工程技术分析与控制问题基本能力的高级工程技术人才。
电气工程及其自动化专业是为各行各业培养能够从事电气工程及其自动化、计算机技术应用、复合型的高级工程技术人才。
2、机械设计制造及其自动化：本专业培养具备机械设计制造基础知识与应用能力，具有机电新产品开发与管理企业所需的知识结构及潜能，也具有适应科研、教育、经贸及行政管理等部门工作或继续深造的素质和能力。
能在机械工程及其自动化领域内从事设计制造、科技开发、应用研究、运行管理和经营销售等方面工作的高级工程技术人才。
三、就业方向不同
1、电气工程及其自动化：电气自动化技术方面的人才市场有着相当大的潜力。尤其是广东地区，自动化生产技术不断提高，自动化产品不断普及，智能楼宇和智能家居的应用，智能交通的不断发展，为电气自动化技术专业提供了广阔的发展前景。
2、机械设计制造及其自动化：从事机械设计与制造加工工艺规程的编制与实施工作；从事机械、电气、液压、气压等控制设备的维护维修工作；从事工艺工装的设计、制造工作；从事数控机床、加工中心等高智能设备的编程及操作工作。