刑事自诉立案之后可以申请撤案。法院对自诉案件立案后，可以对自诉案件进行调解，如果双方调解达成协议的，可以签订和解协议书。而在法院作出宣判前，自诉人是可以撤销案件的，但如果自诉人撤销案件的，法院是会准许的，而被告人在自诉案件审理的过程中，可以提起反诉的。
一、刑事自诉案件可以撤诉么
依据我国《刑事诉讼法》的规定，刑事自诉案件是由被害人向人民法院直接提起诉讼的，自诉案件的类型有几种，主要是告诉才处理的案件，符合条件的法院会受理自诉案件。
法院对自诉案件立案后，可以对自诉案件进行调解，如果双方调解达成协议的，可以签订和解协议书。而在法院作出宣判前，自诉人是可以撤销案件的，但如果自诉人撤销案件的，法院是会准许的，而被告人在自诉案件审理的过程中，可以提起反诉的。
自诉案件撤诉有不同的情形：
1、原告经法院两次的传唤，如果没有正当的理由不出庭审理案件的，法院可以按撤诉处理。
2、法院立案后进行调解，调解达成协议的，或者双方私下达成和解协议的，可以在作出宣判前撤诉。
刑事自诉案件有依法撤诉、调解撤诉、和解撤诉等的情形，法院在受理自诉案件后，如果发现证据不足的，应该说服自诉人撤诉或者裁定驳回起诉。
二、超过了刑事自诉时效还能起诉吗
刑事案件在多数人的概念中是检查机关提起公诉，由法院来判决的案件。其实，在刑事案件中也有被害人自己提起诉讼的，称为刑事自诉案件。
根据我国《刑法》第八十七条 犯罪经过下列期限不再追诉：
(一)法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年;
(二)法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年;
(三)法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年;
(四)法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。
第八十八条 在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。
被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，不受追诉期限的限制。
刑事自诉案件撤诉，分两种情况应分别处理：一种是当事人自愿撤诉，当事人经过协商达成和解成协议自愿撤诉的，不可以再行起诉。另一种是因证据不足法院说服自诉人撤诉的情况，如果属于第二种，有了新证据可以重新起诉。不过要是其他原因，比如与被告人和解等，就不能够再次起诉了。