李鸿章等认为：自从乾隆年间平定新疆一百多年以来，每年都要花费数百万两饷银，这是一个填不满的无底洞，现在又要竭尽天下的财力去赡养大军西征，还不如依从英国人提出的条件，允许阿古柏政权独立，只要他答应称臣入贡就是了。
左宗棠力驳李鸿章，他认为：如果丢失新疆，则这块土地不是被西方的英国势力，就是被北方的沙俄鲸吞，中国随即失去西北边防的关卡要塞和重镇，使西北边防无以屏障，到时中国边防的兵力不但不能削减，反而会大大增加。从全局来看，不战而丢新疆的后果，对内必将严重有损国威，丧失民心；对外也必将助长列强的侵略气焰，不利于海防。以李鸿章的主张乃是误国，绝不可行。
个人认为：以中国当时的国力及清廷的人才储备是完全有能力收复新疆的，如果不是左宗棠带兵，也有其他优秀的将领能胜任。当然，左帅是当时最佳的人选。
收复成败的关键在于清廷是有意愿、有决心打这一仗！
1864年，正值太平天国运动和同治陕甘回变波及新疆，新疆各地豪强趁机而起，出现了割据纷争，各自为王的混乱局面。
同治十一年（1872年）七月，清廷尚在争论讨伐阿古柏之事，左宗棠认为“既事关君国，兼涉中外，不能将就了局，且索性干去而已”，率师进驻兰州，准备收复新疆。
当时主管财政的大臣沈葆祯，一见西征军费的预算报告，金额甚钜，欲摊派给各省，从地方财政收入里抽调，军机大臣文祥过问，宗棠亲自去找皇帝和摄政的西太后陈述利害关系。
皇帝御批道：“宗棠乃社稷大臣，此次西征以国事而自任，只要边地安宁，朝廷何惜千万金，可从国库拨款五百万，并敕令允其自借外国债五百万。”
新疆正式建省
1882年，左宗棠再次向清朝政府奏请新疆建省.
1884年11月16日，户部奏请添设新疆巡抚、布政使各一人，除刘锦棠任巡抚外，又调甘肃布政使任新疆布政使。从此，新疆省正式建立。