按照地质发展历程，将本区的新生代地质史划分为3个阶段：①陆内裂谷阶段（晚三叠世—中始新世）的萎缩期（白垩纪—中始新世）；②喜马拉雅运动早期（晚始新世—早中新世）；③喜马拉雅运动晚期（晚中新世—第四纪）。这种划分对比见表1-1。
（一）古新世—中始新世
1.陆内裂谷萎缩期的地层发育
在本区活动强烈的印支期陆内-陆间裂谷系全面闭合后，经过隆起和剥蚀夷平又开始了新的拉张－挤压的开合构造旋回，晚三叠世不同时期的沉积与下伏地层普遍呈不整合接触。大致说来，侏罗纪是这一新的拉张活动的发育鼎盛期，分布广，厚度大；白垩纪则是其萎缩期。本区的白垩系多与其下伏地层为平行不整合接触；与上覆地层在楚雄地区为整合接触，在保山-澜沧地区为整合至平行不整合接触。古新统和始新统与白垩系关系密切，比侏罗系的分布明显萎缩（表1-2）。无论从沉积还是从变形程度看古新统一始新统都可认为是陆内裂谷萎缩末期的产物。这正是在讨论古新世和始新世时不能不上溯并与之一起讨论白垩纪的原因。而在扬子断块区，该时期的沉积也是中生代沉积盆地持续萎缩到末期的产物。对比古新世与早白垩世的古地理图，很容易得到这一认识（图1-4、1-5）。
白垩系为陆相红层，可分成两大沉积旋回，可对比性强。以滇东楚雄一带为例，下旋回为下白垩统高峰寺组和普昌河组。旋回底部为砂砾岩，上部多为杂色泥岩、粉砂岩、夹泥灰岩，局部含石膏。在祥云仅普昌河组厚度就可达2113m。在滇西该套地层称景星组，厚800～2100m，局部有铜矿化或含煤线。上旋回为马头山组和江底河组。江底河组岩性较细，夹泥灰岩多层（局部含铜），亦见黑色碳质页岩和石膏夹层。在楚雄一带上旋回厚900m。上旋回在滇西相当于曼岗组、虎头寺组和曼宽河组，虎头寺组普遍含铜矿化。滇西的上旋回明显比滇东厚，曼岗组厚600～1200m，虎头寺组厚100～400m，曼宽河组在南部江城命名剖面上厚2923m。
表1-1 云南地区新生代地质演化阶段划分对比表
注：本表的编制参考了何科昭（1996）的资料。
表1-2 云南地区白垩系—古近系典型地层及其对比表
＊路美邑组未见与赵家店组接触，其下伏地层为三叠系，赵家店组上覆上中新统石灰坝组、本表的编制主要参考了《云南省区域地质志》，1982。
图1-4 云南早白垩世早期岩相古地理略图
（据《云南省区域地质志》，1990）
1—岩相界线；2—古陆或隆起区；3—砂岩泥岩－泥灰岩组；4—砂岩－泥岩－砂砾岩组；5—砂岩－砾岩组；6—砂岩-泥岩-砂砾岩-白云质灰岩组
Es—河口湾相；Ls—浅湖相；R-Lc—河流－滨湖相；R—河流相
值得注意的是上白垩统江底河组的沿革，该组1962年命名于大姚，包括4个岩性段：下部有下杂色岩段，下紫色岩段，上部有上杂色岩段、上紫色岩段。现在将上部两个岩性段归为古新统并称为元水井组（云南省地质矿产局，1990）。可见本区第三系底部与白垩系有密切关系。
2.两种类型的古新统和下—中始新统
第一种类型以兰坪思茅盆地和楚雄盆地为代表，是白垩系盆地的萎缩产物。总体看来其古新统是发育在准平原化背景上的内陆湖沉积，沉积较细，大致划分为两个沉积旋回并相应有两个重要的成盐期，不但有膏盐，而且含岩盐和钾盐，局部形成矿层。在盆地中心厚度很大（可大于2000m），且多与下伏地层整合接触，向边缘变薄并可出现与下伏地层的假不整合或超覆不整合接触。
图1-5 云南古新世岩相古地理略图
（据何科昭等，1996）
1—蒸发岩相；2—粉砂岩－泥岩相；3—粉砂岩砂岩相；4—碎屑物方向；5—剥蚀区
Ⅰ—盐湖相带；Ⅱ—滨湖-浅湖相带；Ⅲ—滨湖-三角洲相带；Ⅳ—萨布哈平原相带；V—滨浅湖相带
第二种类型是在新生代箕状断陷盆地中的沉积，沉积开始于古新世—始新世的不同阶段，厚度可达1000m，其中也有与上一类型相应的成矿层位。云南省第三系的200多个独立的沉积盆地，有相当部分产生在此时期（图1-6）。
滇西的中—下古新统为勐野井组和云龙组。勐野井组在江城勐野井矿区厚468m，可见与下伏下白垩统虎头寺组假不整合接触，在兰坪－思茅分区厚度可达1458m。云龙组亦为湖相红色砂泥岩夹膏盐，厚253～2540m。滇东的古新统即前面提到的元水井组，厚度较薄。
（二）晚始新世—早中新世
1.一次重要的挤压构造活动
众所周知，在始新世末期发生了一次重要的构造事件，白垩纪末期到中始新世的以拉张为主向以挤压为主转变。而这次挤压活动又以滇西地区表现最为明显，导致陆内裂谷（T3—E2）的消亡封闭并产生相应的压性构造形变，形成南北向的断层和相应的褶皱。在滇西挤压活动对先期断裂有相当大的继承性，在扬子断块区则有较明显的新生性，遍布全区的南北向断裂及其派生的分支断裂，控制着大大小小的新生代断陷（陈布科等，1994）。即使某些盆地的边界因超覆或后期剥蚀呈不规则状，但勘探证明其控盆主断裂仍然是南北向断层，如曲靖盆地东部及其堡子上主断层。就裂谷期的地层来说，越向下形变越强烈，但即使古新世—中新世的地层也可产生明显的全形褶皱、发育逆—逆冲断层并造成与上覆地层的角度不整合（图1-7、1-8）。
图1-6 云南地区第三系分布图
本图主要依据《云南省区域地质志》（1990），《贵州省区域地质志》（1987）和《中国地质图》（1∶500万）（1990）绘制
1—古新统；2—始新—渐新统；3—中新统—上新统；4—主要断裂；5—地层区界线；6—分区界线
图内数字为地层区：Ⅰ—滇东地层区；Ⅰ1—元谋－楚雄分区；Ⅰ2—昭通－东川分区；Ⅰ3—昆明－开远分区；Ⅰ4—西昌分区；Ⅱ—滇西地层区；Ⅱ1—腾冲-瑞丽分区；Ⅱ2—保山-澜沧分区；Ⅱ3—兰坪-思茅分区；Ⅱ4—中甸-丽江分区
图1-7 滇西地区上始新统—渐新统与下伏地层接触关系图
（据尹功明，转引自何科昭等，1996）
1—勐腊群；2—宝相寺组；3—小丫口组；4—勐野井组；5—泥岩；6—粉砂岩；7—细砂岩；8—中、粗砂岩；9—含砾砂岩；10—砂砾岩；11—砾岩；12—粗—巨砾岩；13—含砾砂泥质透镜体
A—镇源勐大文夺村；B—景谷县景谷街文连村东；C—景谷县陆家山西；D—勐腊县至勐伴18km处
图1-8 景谷陆家山（E1-2—E3）构造剖面图
图1-7和图1-8中的E1me为勐野井组，
（据尹功明，转引自何科昭等，1996）
在区域动力作用影响下产生了侏罗系、白垩系和古近系砂泥岩轻度变质，使岩石具丝绢光泽，片理发育，绢云母、绿泥石等新生矿物大量出现。与此同期出现了中酸性浅成侵入体。新生矿物和侵入岩的同位素年龄值集中出现的区间为35～45Ma和30～20Ma（何科昭，1996）。
2.以粗碎屑岩发育为特征的上始新统—渐新统沉积
这次压性活动造成陆内裂谷期地层的形变、侵蚀和分割。这种活动不仅对盐类矿床产生重大影响，也使其中的油气分布受到强烈改造、破坏和散失。由于差异断裂作用，在总体上升的背景上产生新的断陷盆地，其中形成以粗碎屑发育为特征的沉积（图1-9），厚度大者可达数千米。少数盆地岩性较细，并夹煤线，厚度较薄，化石较多因而地层研究程度高。这种类型以路南盆地为代表，其上始新统路美邑组，厚462m，底部有66m的砾岩和粗砂岩，下伏地层为古、中生界；渐新统为小屯组和蔡家冲组，厚度大于255m，泥岩和泥灰岩发育。对本区中—上渐新统的存在有争议，由于巨厚的粗碎屑红层，没有可靠的化石依据。
图1-9 思茅地区勐大组地层剖面图
（据尹功明，转引自何科昭等，1996）
1—土壤；2—泥岩；3—粉砂岩；4—砂岩；5—砂砾岩；6—粗—巨砾岩；7—含巨砾砾岩；8—灰岩；9—断层
3.以细碎屑岩为主并夹煤层的早中新统沉积
主要发生在始新世晚期的构造运动随时间的推移活动性减弱。与之相应，本区的地势高差减小。到上新世本区已形成了海拔高于近于1000m（或700～800m）的夷平面。此时的沉积具有如下特点：①盆地分布星罗棋布、新生者居多，与下伏地层关系不密切。如见于兰坪-思茅地区的三号沟组（下中新统最低层位）与上中新统—渐新统的勐腊群呈断层接触，昆明-开远地区的下中新统小龙潭组与下伏地层三叠系呈断层接触，中甸-丽江地区的下中新统双河组（层位低于小龙潭组高于三号沟组）与下伏地层上始新统丽江组呈不整合接触，元谋-楚雄地区的石灰坝组（下中新统最高层位，《云南省区域地质志》认为属上中新统）亦见与三叠系不整合接触；②细碎屑岩发育，泥岩和泥灰岩占较大比例，层位越高厚度越小，如三号沟组厚度可大于1300m，双河组、小龙潭组厚度为200～450m；③普遍夹煤系，是云南省重要的含褐煤层位。
（三）晚中新世—第四纪
1.晚中新世—上新世的隆升和高原夷平面上的含煤盆地
本区普遍缺失晚中新世—早上新世的沉积（元谋-楚雄地区有上中新统石灰坝组，其时代尚有争议）。这一期间是云南地区快速隆升期。其主要证据为：①晚上新世沉积所含的植物化石群中以高山栎较多为特征，这是一种生长在海拔2200～3600m湿润地带的常绿植物，伴生的菱属孢与海拔2500m相应。以2200～2500m计则抬升了1400～1700m；②根据煤样的镜质体反射率（Ro）值推断，沉积后多数盆地隆升幅度达1500～1660m（表1-3）。
表1-3 滇西新近纪煤岩样镜质体反射率（Ro）与地壳隆升幅度
注：t0—古地温；H—成煤深度；h1—残留厚度；h2—隆升幅度，h2=H-h1。据何科昭等，1996。
在高原夷平面上的低洼处，特别是一些新生代较老沉积堆积处，形成较多的上上新统沉积，往往与中新统沉积不整合接触（图1-10）。该期沉积以昭通—东川地区的昭通组为代表，为湖沼相灰色粘土岩、褐煤夹砾岩，厚60～350m。在不同地区有不同的组名，但都以含褐煤或煤线、油页岩等为特征，不仅是云南重要产煤层位，而且在全国亦有重要意义（李瑞生等，1994）。
图1-10 梁河盆地构造剖面图
（据颜丹平，转引自何科昭等，1996）
1—砾岩；2—砂砾岩；3—含砾细砂岩；4—粗砂岩；5—粉砂质泥岩；6—泥岩、粘土岩；7—煤层；8—玄武岩；9—断层及破碎带；10—花岗岩
2.新构造运动和第四纪盆地
云南地区以新构造运动强烈而闻名，地貌和地震做的研究有许多重要成果，综合这些成果可得出与本书有关的几个认识。
（1）云南地区第四纪以掀斜抬升为区域背景
晚上新统的沉积物性质及植物群面貌相当一致，对应于遍布全区的该期夷平面。以这两个要素为标志进行区域对比，可发现第四纪本区经历了明显的掀斜抬升，造就了北高南低的总体地势。据何浩生等（1996）计算剑川一带第四纪隆升速率为0.5mm/a（900m/1.8Ma），向北到中甸地区为0.7mm/a（1300m/1.8Ma），至云南最北端的德钦地区增至1mm/a（1800m/1.8Ma）。与之相应，剑川旁的高峰老君山海拔4247m，而德钦旁的梅里雪山海拔达6740m。掀斜抬升的结果使云南省西北部山区的上升幅度达1900m左右（图1-11）。
图1-11 滇西新生代主要演化阶段及特征示意图
（据何科昭等，1996）
（2）南北向断裂和横断层是差异升降的主控因素
掀斜上升背景上发育的是断块差异运动。在各大河谷里本区的第四系都呈现南厚北薄、南部第四纪起始层位偏老的现象，说明断层发育自南而北地进行。大河谷的形成不完全是侵蚀的结果，而在很大程度上受断块差异活动的控制（图1-12）。以怒江道街盆地为例，上新世末期夷平面解体，陷落形成河谷盆地。盆地内河床海拔650m，与两侧山顶的夷平面（海拔3000～2400m）高差达2350～1750m，说明从上新世晚期以来垂直位移＞1750m。具体地说，中更新世以来200m，晚更新世以来100m，全新世以来约15m（何科昭等，1996）。攀西地区的研究成果与之类似，从各期的上升速率看有加大趋势，早、中更新世分别为0.69mm/a和0.85mm/a，晚更新世和全新世分别达2.38mm/a和4.50mm/a（陈富斌等，1988）。滇西地区的南北向断裂有向南东撒开之势，在印度板块阿萨姆尖角楔入的影响下明显地具有走滑的特点。多数地区的走滑位移量明显大于垂直上升量。
（3）在差异上升背景上发育的第四纪沉积
与我国其他地区不同，本区第四纪的强烈活动使早更新世沉积普遍与上新世沉积呈角度不整合，仅在继承发育盆地的中心可呈整合接触（如元谋）。更有甚者，在早、中、晚更新世沉积间以及与全新世沉积间都多见平行和不整合，第四纪地层的褶皱和断裂也相当发育。
本区第四纪沉积以湖相层发育为特征，湖的形成与消失时代在不同地区有所差异，许多断陷湖保持至今。在被大河“打开”的沉积盆地中可选腾冲—梁河（简称腾梁）盆地为代表。大致看来，该盆地的早更新世是不断加深加宽的河流相沉积，局部堰塞湖可有硅藻土沉积。中更新世是湖泊发展阶段形成一系列的断陷湖盆。晚更新世早中期是湖盆消亡阶段，到晚更新世晚期至全新世才形成了现在的山间河流。腾梁盆地及附近的地表径流成为伊洛瓦底江的上游。
此外，有的河谷第四系以冲积、洪积和坡积为主，缺少湖相层，这说明其外泄径流形成较早，如怒江沿岸的通街盆地等。
图1-12 腾冲固东河谷构造-地貌剖面
（据何科昭等，1996）
（四）云南地区新生代盆地发展
1.喜马拉雅期的挤压造山开始于始新世晚期
张文佑早就注意到构造运动的分期与古生物演化决定的断代划分存在一定程度的差异。因而在许多重要的地质时代变化处地层反而不易划分（张文佑、张抗，1983）。本区的新生代早期便出现这一情况。古新世—中始新世的沉积发育与白垩纪关系密切，同属中生代陆内裂谷的萎缩期。实际上，在喜马拉雅山地区真正的造山运动也不是从古新统开始的，即使是“软碰撞”也开始在始新世（详见下述）。显然，从滇西地区来说，应该从中生代陆内裂谷的封闭之后才进入新生代的隆升造山和挤压形变阶段。
2.经历了三次以隆升为主的阶段和以夷平为主的阶段
正如表1-1显示，云南地区地堑发育经历了三次以隆升为主的时期，其间有两次以夷平为主的时期。每一个隆升期或者伴有以粗碎屑岩发育为特征的盆地，或者缺乏沉积盆地（区域性的剥蚀作用相当强烈）。每一个以夷平为主的时期相对上升的势头减弱，此时不仅发育了红土（古土壤）型夷平面而且还形成了以细碎屑发育为特征的盆地沉积。而这种细碎屑发育的盆地都有多次湖沼化的过程，无论是湖相泥质岩（包括油页岩和泥灰岩）还是沼泽相煤系，其中都不乏较好的烃源岩。这些地层构成了我们下面讨论的油气地质问题的基础之一。
保山盆地是以上发育过程的良好例证。这是一个发育在掸邦断块北端的南北向断陷盆地，侵蚀后的保留面积245km2。从地震和钻井资料分析，从平面上看其中部拉张量最大，从发育史看其中新统南林组沉积时，特别是上新统羊邑组上段沉积时拉张活动最强烈（表1-4，图1-13）。这恰是表1-1所展示的夷平期。换言之，在隆升期以整体块断活动为主，夷平期是东西向挤压应力的相对松弛期，断块内部各断层间的差异活动增大，相对的拉张性明显形成夷平面上的小盆地。
表1-4 保山盆地拉张量计算结果
据蒲勇、谭继泽、蒋在宁，滇西保山断陷盆地构造运动学特征，滇黔桂油气，1998,11（4）。
图1-13 保山盆地新近纪拉张量变化曲线
（资料来源同上表，地层符号及说明见正文）
总体看来，新近纪以来，经历了沉降速率日趋加大的过程，使沉降曲线呈上凸型。与第四纪的隆升期相应，该期盆地沉降速率有降低之势（图1-14）。
新生代的主要演化经历都与挤压隆升和成山有关，这不仅导致难以形成较大的盆地，而且使包括新生界在内的地层都受到程度不等的侵蚀破坏，影响着油气的保存条件。
图1-14 保山盆地9317测线构造沉降图
（资料来源同表1-4）