开办诊所的范围有所不同：两种证书都是由国家政策引导下进行的考核，在拿证后都具备开诊所的资质。区别在于中医(专长)医师证能直接在当地开诊所，无需备案;而持有中医类执业资格证的人员相对来说多了一道门槛——5年在其他医疗机构从业经历，满足条件后才能顺利开业。
如果只是从这个角度看来看，中医专长证主要考察的是医者的行医经验和专长技能，而中医类执业资格证则偏向于学院理论+实践结合。执业范围上存在差异：两种证书的取得都是要有一定的经验和过硬的专业知识，拿证后都是从事和中医有关的诊疗活动。区别就在于中医专长证执业范围相对较窄，中医类别执业资格证可选择范围较广。
2017年颁布的《中医医术确有专长人员医师考核注册管理暂行办法》(以下简称《暂行办法》)中，第二十六条规定，中医(专长)医师按照考核内容进行执业注册，执业范围包括其能够使用的中医药技术方法和具体治疗病证的范围。也就是说，考生在考核过程中考核什么，以后执业范围就是什么，这主要和考生当时填报的具体方向和病种及范围有关。
而根据原卫生部《关于医师执业注册中执业范围的暂行规定》，中医类别执业医师执业范围包括：1、中医专业2、中西医结合专业3、蒙医专业4、藏医专业5、维医专业6、傣医专业7、省级以上卫生行政部门规定的其他专业。相比之下，中医类执业证能够开展的服务更全面，其中任何一项专业的执业范围更广。
报考条件上的差异：1.中医专长证要求：通过师承方式学习中医或者经多年实践有专业中医技术的民间中医，医术确有专长的人员，可以申请参加中医医术确有专长人员医师资格考核。2.中医类执业资格证：参加中医执业医师资格考试的考生分为三类：一类是具有国家承认学历的高中等中医药院校毕业生；一类是国家认可的以师承方式学习的人员一类是符合报名条件的外籍人员和台港澳居民。无论哪一类都必须符合学历方面的要求。两者最大的区别就是：中医专长证没有学历要求，而中医类专业资格证有最低学历要求。多点执业方面的不同：两种证书在符合条件的情况下通过备案都可以开展多点执业。区别在于持有中医类别执业医师证更容易获批。
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