1机构设置。
保定军校直接隶属于陆军部军学司，学校的领导机构称为校本部。校长是总理一切事务的最高官员，以陆军少将衔以上军职人员充任。历任校长为赵理泰、蒋方震、曲同丰、王汝贤、杨祖德、贾德耀、张鸿绪、孙树林。校长之下设教育长，负责全校教学事务，相当于清末各学堂的监督，由少将衔军职人员充任。历任教育长是：毛继承、张承礼、贾德耀、程长发、刘汝贤、孙树林、赵协璋。历任校长与教育长，多为日本士官学校毕业。教育长下设教育副官 1人，一等副官、二等副官数人，由校级、尉级军官充任，协助教育长工作，并负责总务、庶务。以上这些人员组成校本部。
校本部下设5个专科，即步兵科、骑兵科、炮兵科、工兵科、辎重兵科。骑兵科和辎重兵科各设教务长1人，步、炮、工各科设科长1人，均由上校级军官充任，负责本科教学及管理。各专科以下设学生连，每连设连长1人，由少校级军官充任。连以下设排，每排设排长1人，为上尉级。全校共设连13个，其中步兵科设7个连，每连设3个排；骑兵科设2个连，每连设4个排；炮兵科设2个连，每连3个排；工兵科设1个连，下设3个排；炮兵科设1个连，下设3个排。在军校前期，曾延用原北洋速成武备学堂的制度，各连称队长，排长称区队长。后改称连、排长。至第八期，对学生编队进行了改革，采用各兵种混合编队，恢复了队长、区队长的称谓。
2课程设置及教授方法。
课程分为3大类，即学科、术科和外文，此外还有汉文、算学等普通课。军事教材主要采用日本教材翻译加工制定，由陆军部统一颁发。学科分为4大类，即战术、兵器、地形及筑垒、交通。术科包括器械体操、刺枪、劈剑、马术等。在授课时，主要由教官口授，或以动作示范。一般分为内场、外场，内场主要是讲授教科书，外场则是学习实际操作。战术作业是一门很重要的功课，先由教官讲授基本原理后，由教官出题，假想一种敌情，让学生们根据所学原理，用军用符号在地图上标明敌我态势，绘制成图，呈教官审评。最初是1个步兵连的兵力，随着讲课的进度，逐步增加到1营、1团、1旅，并由单纯的步兵增加骑兵、工兵、炮兵等，成为混成支队，最后到1个师的兵力。此外还要定期到野外进行模拟战术实施演习，以巩固学习成果。每期学生毕业时，还要进行各兵种联合军事演习。地形筑垒也是如此，讲授基本原理后，由学生拿起标杆、测尺、水准仪等测量工具，到野外进行实地测绘，构筑各种工事。兵器课主要讲授各种武器的性能，还要进行实弹射击。在学习中，各科还根据本科的特点，重点学习一些专业性强的军事课程。
在军校开办初期，还设有经、史一类的课，主要是为禁锢学生思想，后期已废除。除以上这些课程外，还有卫生等课，往往不被学生们重视。
保定军校在教学中，采用了德国、日本的训练方法，教育、训练极为严格，对于达不到要求的学生，往往进行惩罚，如打军棍、关禁闭、疲劳训练等。有的学生实在难以忍受，如广西学生韩明章因训练过于紧张而患神经病(李晋阶：《保定陆军军官学校第一期回忆》)。
3主要制度。
(1)值勤制度，有军官值勤、学生值日两种。军官值勤又分为高级值星官，由科长轮流担任；总值星官，由各连长轮流担任；军官值勤，由各排长轮流担任。各级值星官负责本职范围内的事务处理，以及检查督促工作。学生值日，负责本连排集合、检查人数以及课堂纪律，发放文具、书籍等。此外还有各宿舍值日生，负责清洁卫生等内务。
(2)检查制度，有内务检查，每天由值星官检查，每周连长至少检查一次；武器检查，每周一次；服装检查，在假日外出前检查；身体检查，每学期开学后一次；检阅大检查，为综合性检查。
(3)考试制度，有临时考试、月考、季考、期考、毕业考试等。
(4)放假制度：每逢星期日照例放假1天；节日放假，分为年假、中秋、国庆等。在开办初期，每逢孔子、关羽的诞辰日，也要放假1天。民国五年(1916年)8月，废除祭孔，军校中也相应废除孔子、关羽诞辰的假日。暑假是在每年7月中旬到8月中旬，放假1个月。
保定军校实行军事制度，整个学校宛若一座兵营，规章制度极严。如外出，必须经官长批准，着军官制服，否则要罚禁闭。
(4)学生情况。
保定军校共办9期，学制为2年。学生经陆军小学(全国共设18所)、陆军中学(分别设在北京清河、陕西西安、湖北武昌、江苏南京，共4所；民国后改称陆军预备学校)毕业后，要到军队入伍半年，熟悉士兵生活，学习一般军事知识。此期间，称为“入伍生”。入伍期满后，经过体验和甄别，合格者升入军官学校，不合格者分送其他军事学校。
民国成立后，各省的陆军小学陆续停止招生，原有学生继续升学。到民国六年(1917年)，陆军预备学校的学生已全部升入保定军校，学生来源中断。为了解决此问题，陆军部改变制度，直接从普通中学(四年制)学生中招收陆军预备学生，分配到第一陆军预备学校(即设于北京清河的陆军第一中学堂)。民国七年(1918年)暑假，又从普通中学生中直接招收保定军校入伍生。由于这些学生没经过陆军小学、陆军中学的军事训练，入伍期由半年延长至9个月，后这批学生升入保定学校，为第八期学生。1917年招收的中学生由陆军预备学校毕业后，升入军校，为第九期。
学生经过2年学习，毕业后由陆军部分配到各军队实习半年，然后由陆军部授以官衔，分发各军队。
保定军校学生为官费，主要生活用品及学习用具均由学校供给。每人发给的用品有棉被两床、棉褥1床，白褥单两条，白草褥垫1个，枕头1个。冬季发灰棉衣1套，秋季发夹灰军衣两套，夏季单军衣两套，内衣裤若干。外出服为军官制服，冬季为黄呢子军服1套，夏季为灰斜纹布军装1套。生活日用品有洗脸毛巾、擦脚布、〖FJF〗盥〖FJJ〗洗用具，针线包等。另发有各种笔本等文具用品。除此之外，学校还发给供零用的津贴若干。
保定军校对学生进行严格的管理，尤其标榜“军人不干政”，严禁传阅各种报刊及传播新思想的书刊和参与各种社会政治活动，以图将学生培养成只知服从命令的职业军人。民国以后，各种新思想传播迅速，特别是一些南方入学的学生，受革命思想影响很深，有的直接参加过革命活动，因此尽管校方严加约束，但各次重大的政治风潮均在军校引起反响。从学生总数说，有爱国心的占很大比重，但也有不少学生不问政治，埋头用功。还有少数学生，站在业已灭亡的清朝的立场上诅咒革命，这些学生以满族学生为多。总之，保定军校学生的思想和当时的社会情况一样，五花八门，良莠混杂。如有些学生，出身富豪官绅之家，纨绔习气很浓。每逢星期日，这些学生充斥保定的大小饭馆酒店及戏园剧场。这些学生热衷于给名角捧场，如荀慧生(戏名白牡丹)在保定唱戏时，他们几乎每个星期天都去，甚至写信给戏园老板，说下星期若不给白牡丹加钱，就要砸戏园。其情绪之狂热，可想而知。这些纨绔子弟还经常出入各娼寮妓院，吃喝嫖赌，任意挥霍。但多数有志学生，耻与此等为伍，他们经常在一起，或钻研功课，或抒发爱国情怀。遇有星期假日，则徒步到野外郊游，或找一个清静场所下棋、赋诗、演唱戏剧。这些人，是军校学生中的骨干，毕业后也多受到重用，成为著名的军界人物。
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