主要不同在三方面，具体如下：
1、核心不同
先秦儒家的核心命题即孔子的“仁”。孔子作为儒学的创始者，其历史功绩在于，整理了古代优秀文化遗产，深入研究历史与现实的政治问题和文化问题，以仁为本，构建起儒学的理论体系，奠定了儒家学说的理论基础。
汉代儒学是中国儒学发展的第二个重要阶段，它与先秦儒学的主要区别在于“建立了一套以天人感应观念为核心，以阴阳五行说为框架的神学化思想体系”。汉代儒学因受官方扶持而成为天下一尊的御用之学。
2、内容不同
先秦儒学内容主要包括：
注重人的因素，重视人生价值，提倡道德修养和人格的完善;提倡积极的入世精神，关注现实，寻求和谐的社会秩序;倡导仁政，主张爱惜民力，关心民生，具有民本主义的思想;主张敬鬼神而远之，带有鲜明的人文主义色彩，倡导培养人才，发展文化教育事业。
它以董仲舒为代表，以经学为表现形式，兼综阴阳。名、法、黄老思想，使儒学逐渐演变为中国封建社会的正统思想，并对中国乃至东亚文化发展产生了重要影响。
3、作用不同
先秦儒学是春秋战国时期由孔子创立，孟子、荀子等发展而形成的一个学派。它以仁、礼为基本内容，以伦理为本位，以人道为中心，高扬人本主义精神。它是商周文化传统与世推移的结果，也是学派论战的产物。
汉代儒学董仲舒借以阐发经典论证其政治主张，有利用汉武帝迷信符命灾异以及汉代人对天命的普遍敬畏，将自己的主张与天相附会，构建起以《公羊春秋》为轴心，融合阴阳、黄老、名、法思想，用阴阳五行、天人感应为理论构架与表现形式，具有神学色彩的儒学理论体系。
参考资料：百度百科-儒家思想
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第1个回答 2013-04-27
1，理论基础：先秦儒学的理论基础是“仁”。汉代儒学理论基础是是“天人感应”。2，思想来源：先秦儒学的思想来源就是是儒学。汉代儒学的思想来源包括儒学，法家学说，阴阳家学说，还有黄老学说。
第2个回答 2013-04-27
（1）从思想内涵来看，汉儒将阴阳家、黄老之学、法家的思想纳入自己的理论体系，发展与改造了先秦儒学；（2）从与当政者的关系而言，先秦儒学批判暴政而致力于建立理想化的社会政治秩序；汉儒则退而求其次，承认现实社会政治秩序的合理性（如皇权专制），即从批判时政转为维护现实统治本回答被网友采纳
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